但在实际中，公司申请人出于种种考虑，有时会向公司登记机关提供虚假的登记资料骗取公司登记，导致公司签发股东的出资证明书、股东名册等资料上的内容与公司登记资料不符，甚至大相径庭，一旦发生纠纷，各股东都会寻找对自己有利的证据，利用出资证明书、股东名册、公司章程、公司登记机关存档的登记资料四者之间的矛盾大做文章。
根据我国现行《
公司登记管理条例》规定，公司股东的姓名或者名称，以及认缴和实缴的出资额、出资时间、出资方式等事项经公司登记机关登记后，对外发生法律公示效力，股东的姓名或者其出资额发生变更的，公司应当向公司登记机关办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。由于存在上述规定，公司股东就把公司登记资料看作是“证据之王”，对于有利于自己股权的极力维护，对于有损自己股权的极力反对，千方百计要求公司登记机关予以撤销或者改变当初的登记行为，甚至不惜启动行政复议和行政诉讼程序。公司登记机关成为涉案股东的众矢之的也是必然的。
从理论上讲，公司登记行为是对公司有关法律关系或者权利的确认，未经合法登记的公司法律关系、权利事项，或者是非法的，或者不受法律保护，不能对抗第三人。但是，公司登记机关从事登记工作没有自由裁量权，它与同是行政许可的特许、普通许可、认可（核准）不同。公司登记机关的权限仅是依据公司申请人的申请，按照国家法律规定，对其提交的申请材料进行书面审查，对符合法定要求的申请进行受理并予以登记，对不符合法定要求的申请予以驳回。在实施登记的过程中，公司登记机关没有自由裁量权，只能严格依据法律规定的程序和标准，对申请人所提交材料的形式和内容进行形式审查。公司登记机关如果发现申请人采用虚假手段骗取公司登记，最大的救济措施也只能是撤销当初的登记行为，将扭曲的股权状态解除，但能否还原，还要靠涉及争议的股东协商或者寻求诉讼仲裁方式解决，公司登记机关无权处理民事主体之间的权利纠纷。公司股东在股权纠纷尚未有效解决的前提下，如果单纯的要求公司登记机关对涉及原先股权内容的登记事项进行变更，由于缺乏法定的受理和登记要件，只能被公司登记机关依法不予受理或者驳回。尽管可以对公司登记机关的登记行为提起行政复议或者行政诉讼，但却无法从根本上解决他们的股权争议，只能白白的消耗宝贵的时间和资源。
笔者认为，发生股权纠纷，纠纷双方还是应当通过诉讼或仲裁途径解决，待审判机关或仲裁机构对其纠纷处理的裁决生效后，才可以根据生效裁决所确定的股权归属到公司登记机关办理相应的变更登记.
