一、村委会选举与乡镇人民政府的关系问题
《
中华人民共和国村民委员会组织法》第
四条第一款规定：“乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干预依法属于村民自治范围内的事项”。明确了乡政府与村委会的关系是指导与被指导的关系，而不是直接的领导与被领导的关系。但第四条第二款又规定“村民委员会协助乡、民族乡、镇的人民政府开展工作。”法律前后的规定虽没有矛盾之处，但其对乡政府与村委会的关系界定就会造成一定的模糊，不利于村委会自治。而且由于我国是由共产党领导的社会主义国家，村委会干部无论是在选举中还是任职期间都不能脱离党的领导，村党支部又直接受乡党委的领导，这在一定程度上损害了村民委员会选举的民主。在乡政府与村委会关系的模糊下，村民选举中存在着以下几个问题：（一）、当选后的干部被乡政府随意撤换；（二）、乡政府操纵选举过程，控制选举结果；（三）、政府随意安插亲信，将有能力而又不愿、不会溜须拍马的人的权利架空。
二、乡村社会的家族、派性等力量的强大与农村村民委员会的选举问题
家族思想的实质源于古代的宗族思想。“宗者尊也,为先祖主者,宗人之所尊也。礼曰:宗人将有事，族人皆侍。”族者,族姓也。古代的宗族制度，即是在宗的原则下处理人与人之间的关系，确定社会秩序的制度。当代社会的宗族化，则主要以农村同一族姓聚居为主要特点,从而衍生出续族谱、唱族戏、修族祠、开族会等家族势力复兴的表现形态。
在村民委员会的选举中，具体表现为：如果两族相竞争，则首选本族人；如同一族内竞选,则考虑自己所属的族内／房份；如还要在同一房份内选择则选择与自己血缘关系最近的至亲。即使有少部分家族观念淡漠的村民也被这种浓厚的氛围所贿赂，最多也只是无奈。还有的村庄虽然没有过多的家族，但由于利益的不同而分为不同的集团派别。在选举中，他们为了各自的利益集团而争斗。在这种家族、派性等力量控制和影响下产生的村民委员会的作用可想而知。他们上台后必然会为了自己的家族和集团着想，而不可能平等地对待其他家族、派别。它不但直接危害了农村基层民主，而且容易导致冲突的。
三、村党支部与村民委员会的选举问题
党政不分是我国长期存在的历史问题，其危害是明显的。邓小平同志在十一届三中全会上指出“加强党的领导，变成了党去包办一切、干预一切；实行一元化领导，变成了党政不分、以党代政”是由于思想的僵化和不解放造成并指出起危害。《中华人民共和国村民委员会组织法》第三条规定：中国共产党在农村的基层组织，按照中国共产党章程进行工作，发挥领导核心作用；依照宪法和法律，支持和保障村民开展自治活动、直接行使民主权利。我国实行的是党领导国家，在农村中也是如此。1980年邓小平同两位中央负责同志的谈话中对次就有清楚的表述，他说：“党的各级组织的权力、任务、工作方法都要改善。从基层来说，要下决心改变党员高于一切群众，支书高于一切干部，党组织高于一切组织的状况。”但关键是我们如何理解党的基层组织“支持和保障村民开展自治活动、直接行使民主权利”？从《组织法》和邓小平同志的谈话中我们可以看出，基层党组织的作用应该是思想和路线上的指导作用，对于村里具体的事务不能过多的插手。但事实上党员往往以应该选那些思想上成熟的人为干部而干预村民委员会的选举，破坏了村民的自主和民主。
