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招标投标法》出台后，即发生了全国首例政府采购案。2000年8月8日，农业部面向全国公开招标，开标后，有未中标的供应商对采购活动提出异议。但因为在当时的法律下，该项目的采购主体和监管主体都是农业部，造成诉讼中的踢皮球现象。没有明确有效的监管机关，是《投标投标法》的一大弊病，这也是造成招投标中存在大量猫腻的根本原因。
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政府采购法》出台后，表面看弥补了一些漏洞，但并没有解决实质问题。去年，出现了我国政府采购法实施后的全国首例行政诉讼案，采购人是国家发改委和卫生部。2004年11月，原告北京现代沃尔沃经贸有限责任公司提出，采购人和采购代理机构在公开招标采购活动中存在违法行为，要求国家财政部及时查处，财政部到2005年2月还没能履行法定职责，反而把案件移送采购人处理，沃尔沃因此诉财政部“行政不作为”。今年3月中，短短一周内，财政部又两次因诸如“行政不作为”类的情由被两家公司诉至法院。财政部条法司一名官员称，这都是财政部在背政府采购法制体系不健全的“黑锅”。有关专家认为，财政部门查处政府采购违法行为的阻力较大，有关部门不够配合，而作为同级部门，财政部也没有权力命令对方。
谷辽海认为，
政府采购法实际包涵了
招标投标法，招标投标是政府采购的核心内容，是国家政府采购制度的组成部分，应该取消
招标投标法，将其内容纳入
政府采购法中。
为了治理政府采购领域的商业贿赂，财政部将商业贿赂专项治理工作列入2006年政府采购工作要点，成立了治理商业贿赂专项工作领导小组，部长金人庆亲任组长力度不可谓不大，但如果源头上的问题不解决，所有的辛苦只能是舍本逐末。
世贸组织的《政府采购协议》并不是强制性的，各国政府可以选择加入，也可以不加入。2001年我国加入世贸组织的时候并未签订《政府采购协议》，但当时也曾承诺，要在两年内启动加入《政府采购协定》的谈判程序，但后来出于某种原因又推迟了启动时间。随着国际经济一体化趋势日益明显，签订《政府采购协议》，从而在国际市场的自由贸易中获益显得更加紧迫。而目前看来，因为利益关系两部法律无法统一，中国加入《政府采购协议》似乎还无时间表。
