和其他被人道主义理论家们宣称为人权的具体自由一样，统治权力的拥有者倾向于一方面在
宪法和法律的一般原则中肯定学术自由，另一方面在具体的法律规则、政策及政治实践中限制、侵犯学术自由。这既包括在那些被国际人权组织认为存在严重人权问题的诸多发展中国家，也包括在诸如英、美等有着悠久人权传统的发达国家。这里仅以英国的《出口控制法》和美国“9·11”事件后颁布的《爱国者法案》为例，对此作一说明。
2001年6月26日，英国政府向议会提交了一份名为《出口控制法》（ExportControlBill）的草案。该草案的最初版本是1998年工业贸易部发表的《战略性出口控制白皮书》，其直接起因是1996年初发表的“斯考特报告”，报告中揭露了知识界向伊拉克非法出售军事装备及相关资料的丑闻。在此之前，英国对技术出口方面的控制已然存在，但主要限于有形技术物资的传播，而《出口控制法》草案将此限制从有形物品扩大到包括软件、数据等科学技术成果的广阔范围，并且对科学研究、交流的过程及其成果的发表提出了非常严格的控制措施。按照该法律草案，一个英国教授可能会因为发送一封电子邮件，或者未经批准招收了外籍学生，而被判处十年监禁。
《出口控制法》草案遭到了英国学术界的强烈批评和抵制。一篇题为“英国法案侵犯科学家的自由”的网络文章指出，“新法案把这些控制适用于无形产品，包括软件、电子邮件、设计构思、幻灯播放等等。这将导致绝大多数的科学研究活动处于控制之下”，而“更为令人担忧的是，新法案不仅适用于跨国传播，也适用于英国国内范围的传播。任何人将其成果提交给一家英国杂志期图发表的行为，都必须接受这些控制。评论家们认为，这将阻止科学家们评估和使用其同行的成果，从而对科学研究过程固有的构造形成毁灭性的威胁”。英国大学联合会的一位发言人在接受《新科学家》采访时指出，“赋予政府对科学出版物先行审查的权力，侵犯科学家的基本学术自由。”[19]剑桥大学计算机科学家、信息政策研究基金会的创始人之一罗斯·安德森撰文指出，该法律草案将影响到科学、技术、医药学等广泛领域的研究权利：向一个外籍学生教授医药学必须获得一项许可；很多核心课程，如细菌学、滤过性微生物学、毒物学、生物化学和药理学等，以及其他学科，如核物理、化学、空气动力学、飞行控制系统、导航系统，甚至计算流体动力学，也都有问题；而计算机科学的研究与教学，几乎将不得不完全纳入《出口控制法》的管制之下，甚至必须完全重写课程计划和相关教学资料；至于占据现代科学研究较大比例的合作研究，也将随着《出口控制法》的出台而窒息。同时，由于现代电子科技已经广泛应用于课程教学和资料编写，《出口控制法》不仅影响本国的科学和技术研究者，也将影响到研究生、本科生，尤其是外籍学生和盲聋哑学生，以及大学所办的或者与大学有科技合作关系的高科技公司。安德森教授认为，从长远来看，这一法案创造了一种危险的体制，在这一体制下，“人民公仆”不经正当程序或者必要的诉讼手段就可以惩罚学术界的成员，其对学术自由的影响和威胁，是非常严重的。[20]
《出口控制法》（ExportControlAct2002）最终于2002年7月24日颁布。作为对批评的让步，《出口控制法》在颁布时增加了一个“特定自由的保护”条款：
（1）除非通过命令干预可疑活动的自由是必要的（而且以必要为限），国务大臣不得发布禁止或者限制下列活动的控制命令：（a）正常科学研究过程中的信息交流，（b）普通信息的生产，或者（c）普通信息的传播；
（2）干预是否必要的问题，由国务大臣参考下达命令时的主要情况，并考虑寻求对可疑活动进行控制的原因，以及尊重这些活动之自由的需要，来决定。[21]
然而，客观地说，立法上的“必要干预”条款为学术自由权之保障所提供的最多也只是一线“阴暗的亮光”：一方面，必要与否的裁量权力掌握在干预实施者的手中，另一方面，利用“必要”之类语词的模糊性来缓和或应付批评、反对之声，是所有政治欺骗中最为普通的伎俩。
与英国的学术同行相比，美国的科学家们似乎更为不幸。在英国工业贸易部发布《战略性出口控制白皮书》之前，美国学术界实际上早已经受类似的控制。而正当激进主义分子通过几宗态度鲜明的诉讼导致此类控制被迫放松之时，[22]“9·11”事件又将本来就占足了上风的“国家安全”再次提到绝对支配地位。[23]对于美国学术界来说，其学术自由权和世贸大厦、五角大楼一道，在“9·11”事件中遭到了重创，只不过后者是恐怖主义分子所为，而前者则是政府借“反恐”之名为之。
“9·11”事件发生后，不到2个月时间，布什政府即发布《采取适当措施阻击恐怖主义法案》（2001年10月24日），又称《爱国者法案》（UnitingandStrengtheningAmericabyProvidingAppropriateToolsRequiredtoInterceptandObstructTerrorism，缩写为USAPATRIOTACT），其速度之快，内容之繁复、详尽，令人咂舌。[24]法案共十个部分，与学术相关的规定，涉及学术研究、学术成果发表、学者之间的交流、教学、学习等几乎所有方面，尤其是对外来移民和外籍人员的学术活动设置了各种严厉的限制措施。
法案激起美国国内强烈的批评和抵制。据ABC新闻网2002年7月1日报道，美国各大城市均在筹备抵制该法的活动，认为该法赋予了执法者太多的权力，置公民权利于危险中。[25]在一篇题为“废除《爱国者法案》”的长文中，杰尼弗·范·卑尔根开篇就极尽讽刺，“《爱国者法案》是对美国人民的侮辱。……应该称其为《撕碎
宪法之法案》”，“尤其是，它彻底放弃了正当程序的任何伪装，违反了
宪法第一、第四、第五、第六和第八修正案，胡乱将刑事调查与外来移民和外国人智识活动法的某些方面搅和在一起”，“该法案是危险的”。[26]麻省理工学院院长查尔斯·维斯特（CharlesVest）在“麻省理工学院2001－2002学年院长报告”中强调，应该在研究和教育活动的开放性与国家安全之间寻求平衡，面对新法案发布之后的现实，联邦政府与学术界的对话、沟通是极为重要的，法案中关于学术成果出版发表方面的限制标准必须明确，诸如“敏感”之类模棱两可的用词只会给学术活动带来更大的危险。[27]路易维尔大学研究生院院长、美国微生物学协会前任会长罗纳德·安特拉斯（RonaldAtlas）说，“我们担心恐惧会导致（对学术活动）过分的分级系统，同时又担心政府对未予分级的信息所施加的约束，将给公众健康所依赖的生命科学研究带来消极影响。我们尤其担心，对未予分级和被错误地界定为''敏感的国家安全信息''所施加的限制，将给对生命健康保护具有重要意义的传染病研究带来严厉的影响。换句话说，我们希望摆脱政府审查这个幽灵。”[28]美国大学教授协会成立了“危机时期学术自由和国家安全特别委员会”，并于2003年发布“危机时期学术自由与国家安全特别委员会报告”。特别委员会主席、弗吉尼亚大学教授罗伯特·欧·奈尔（RobertO''Neil）说，“特别委员会的报告基于这样一个前提认识，即知识探询的自由和观念交流的开放性对于国家安全来说是至关重要的”，“国家的安全和繁荣，最终将被那些阻碍和削减自由的实践所损害”。[29]
