第二，转基因杂交方法。例如，CN200310107230.X号文献涉及一种多抗转基因杂交稻种子的生产方法。它将抗除草剂基因和抗螟虫基因转入三系杂交稻或两系杂交稻的恢复系，使恢复系获得抗除草剂基因和抗螟虫基因，具备抗除草剂特性和抗二化螟特性；将抗稻飞虱基因转入三系杂交稻的保持系，使保持系获得抗稻飞虱基因，具备抗稻飞虱特性。通过不育系与保持系杂交，使不育系获得抗稻飞虱基因，具备抗稻飞虱特性；再利用所得到的转基因恢复系与转基因不育系杂交，生产杂交稻种子。该技术可以提高杂交稻纯度和抗虫性。 CN200510044823.5号文献涉及一种利用基因双导与杂交相结合的水稻新品种选育方法。它在利用基因枪法和农杆菌侵染法分别转化获得具有目标性状(如抗病、抗虫)转基因水稻种质材料的基础上，与杂交等常规水稻育种技术相结合，并结合分子标记辅助选择，选育具有多目标性状水稻新品种。CN97109814.X号文献涉及一种杂交稻种子的生产方法。它将抗除草剂基因转入三系杂交稻或二系杂交稻的恢复系，使恢复系获得抗除草剂基因，具备抗除草剂特性，再用所得到的转基因恢复系与三系不育系或二系不育系杂交，生产杂交稻种子。它能提高杂交种子的纯度，并能及时清除假杂种植株。
　　第三，纯度鉴定和保障方法。例如，CN99103138.5号文献涉及一种快速准确鉴定杂交水稻不育系和杂交种子纯度的方法。它包括种子处理、DNA样品制备、聚合酶链反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色和结果观察等步骤。CN200310106119.9号文献涉及一种两系法杂交稻制种保障种子纯度的方法。它解决了两系法杂交稻制种过程中在母本育性敏感期遭受连续低温时会影响制种纯度的问题。该方法为：当制种田母本出穗前5-15天遭遇日均温23.5℃以下时，采用水温高于25℃的灌溉水串灌或深灌10厘米以上，排水口温度不低于24℃，气温上升至23.5℃后将田间宿水排尽。CN200410002369.2号文献涉及一种杂交水稻排假方法。它以携带白化转绿型叶色标记的杂交水稻不育系为核心材料，实现“双重”高效排杂，即在繁、制种时，通过在秧田中剔除白化不育系中绿色不纯的不育系亲本苗，实现第一重排杂；在大田使用带白化标记不育系配制的杂种时，通过在秧田中人工辅助剔除白化苗，或利用白化苗显著比杂种生长弱的特点，在移栽前凭借生长竞争自然淘汰和在拔秧过程中自动排除假杂种(特别是白化自交苗)，实现第二重排杂。CN02153518.3号文献涉及一种杂交水稻种子纯度鉴定的新方法。它以转绿型叶色标记为基础，进行常规的室内外发芽试验或秧田播种试验，在幼苗生长至1-3叶期时，通过识别正常绿色幼苗中带叶色标记的幼苗，鉴定杂种F1中不育系的混杂比例；通过识别带叶色标记幼苗中正常绿色的幼苗，鉴定不育系串粉种子的比例。按本发明方法，在大田生产中按秧苗纯度实施人工辅助剔除带叶色标记的秧苗或自动排假的措施，保纯杂种；在不育系繁、制秧田中，按秧苗纯度实施人工辅助剔除正常绿色秧苗，保障不育系和杂种的种子纯度。

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