ZL98111352.4号专利与相应的植物品种权具有可靠的市场控制力，能够对侵权、仿冒行为进行有效的封杀。例如，ZL98111352.4号专利保护一种杂交稻的培育方法，包括播种父母本，在母本植株抽穗期喷施赤霉素，其特征在于：利用籼粳中间型不育系培矮64S作母本，以籼稻9311作父本配制杂交种。此外，它还有六项权利要求，保护安全隔离、适期播种、合理密植、适宜行比、调节花期、人工辅助授粉、防治粒黑粉病、去杂去劣等配套措施。例如，权利要求二保护的措施是安全隔离距离大于500米，或与所述父母本的抽穗扬花期相隔15天以上进行制种隔离。南京两优培九种业有限公司在维护知识产权方面耗费了大量心血，打赢了上百起官司，有效维护了农民的利益。例如，2002年，江西法院判决直接销售假冒种子的萍乡市安源区种子公司预先赔偿农民60万元损失，最终侵权责任由提供假冒种子的江苏省建湖县冈西镇种子站承担。2006年，江苏法院判决盐城市科丰种业有限公司侵犯南京两优培九种业有限公司的知识产权，要求被告赔偿原告损失约75万元。知识产权制度的核心是执行。没有强有力的执行措施，知识产权保护就会落空。随着国家知识产权战略的展开，我国应当对专利、品种权、商标权等实行重叠保护，允许权利人索取累加的侵权赔偿。对故意侵权行为，我国法律应当为权利人提供多倍的惩罚性赔偿金。我国还要允许权利人制定严厉的销售、许可格式合同，允许权利人随时搜查种子公司和农户的土地与仓库。种子行业的维权成本很高，我国还可以考虑让被告承担举证责任和费用，对原告调取的种子进行技术和法律鉴定。必要的情况下，我国还可以考虑加大对知识产权侵权的刑事打击范围和力度，争取在农业领域创立一个严厉、高效的知识产权保护制度。
　　三、杂交水稻专利分布
　　美国杂交水稻专利文献主要来自德克萨斯州、加州、中国大陆等地区。例如，Ring Around产品公司、RiceTec公司、NorCal野生稻公司、Ken Foster、Barry L. Tillman、Eugenio S. Sarreal等提交了相关专利申请。中国国家种子公司也提交了几篇申请。
　　在中国国家专利局，除了南京两优培九种业有限公司，全球还有其他单位、个人公开了200多篇杂交水稻发明技术专利文献。其中，国外申请较少，主要来自美国、日本。例如，美国围环物产公司的CN91102598.7号文献涉及一种利用多年生雄性不育稻植株生产杂交稻的方法。日本某公司的CN88109218.5号文献涉及一种培育杂交水稻种子的方法。它包括使雄性不育性母本水稻具有抗除草剂性，将母本水稻与父本水稻杂交以生成杂交水稻种子，以及通过使用母本对其有抗性的除草剂来处理亲本，以便只将父本水稻杀死，从而选出杂交水稻种子。日本两家公司联合申请的CN01816569. 号文献涉及一种针对杂交水稻育种中的Rf-1基因恢复BT型细胞质雄性不育基因的检测方法。它能利用Rf-1基因座附近存在的数个PCR标记座与Rf-1基因座连锁的特性，检测Rf-1基因。

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