接下来的两个原则涉及到的都是司法独立问题。中国现行
宪法以及法院组织法和诉讼法等关于司法独立的规定都是一种措辞，即法院依法独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。这样的条文隐含着三个值得注意的问题，一是主体是法院，而不是法官，这样来自法院内部的干涉就被遮蔽了；二是所谓“审判权”的独特表达，这是所谓司法机关由法院和检察院两家构成带来的必然后果；三是条文采取了列举法，很明显，设计条文时颇有深意地“遗漏”了某些机构或组织，例如政党，例如人大。针对这些缺陷，我们明确地规定，司法独立必须首先是每一个法官的独立。因为损害司法独立的力量既来自于外部，也来自于内部。事实上，中国的法院在内部权力结构上，基本上还是一种行政化或威权化的架构，院长大权在握，至高无上，其影响力之大，实在是一个美国的首席法官所无法想象。在这部建议稿里，我们努力削弱这种在法院里非常不正当的权力，例如规定法院院长由法官兼任（这样规定或许也有助于减少外行进入法院直接当院长的弊端）。规定对于自己不是合议庭成员的案件，院长（以及副院长、庭长等）都不得对于案件的判决提出意见。
法官的内部独立必然会涉及到那个最具中国特色的制度，即审判委员会问题。在这个问题上，我们这个小组内部也发生了分歧。我照例是最激进的一派，主张一步到位，彻底废除这个损害司法独立的制度。但是，其他朋友却觉得要考虑到是否具有可行性的问题。最终的意见是一个妥协的产物，即保留审委会，但是对于它的功能和运行方式进行实质性的改造，把它对于司法独立的损害降低到最低限度。我们希望在绝大多数案件中，审委会存而不用；当案件重大或疑难到必须使用的时候，让审委会以多少类似于“en banc hearing”的形式在法庭上出现，从而消除判决者与当事人之间完全隔离的弊端。不过，这种致力于可行性考虑的妥协方案本身也有着某种不可行的因素，关键是哪些案件应当由审委会裁判，标准并不清楚。在程序上，案件的所谓重大或疑难如何判断，一些案件不经过审理则无从知晓是否疑难，而一旦审理，则审委会又从何而来，一个案件是否就要经历两次审理，程序的合理性基础又如何论证，就又昏昏然不明就里了。
最后，我要谈谈一个颇具戏剧性的争论，那就是关于法院名称是否应当把“人民”这个词语去掉的问题。我们的建议稿里法院就叫法院，不再有“人民”字样了。当北京的一家报纸《新京报》采访我的时候，我把这个问题作为组织法修改里的八个问题之一提出来，但是报纸的编辑觉得不再叫“人民法院”很具有对于眼球的冲击力，就把它突出出来，结果报纸的第一页通栏标题就叫“人民法院可能改名‘法院’”，访谈中我的理由是：“我们建议做这一改变，是考虑到法院是一种专门化的裁判机构，法官是具有权威地位和知识精英素养者组成的群体，司法是一种以专门知识和经验裁断涉及生命财产以及国家与公民间纠纷的国家行为，因此不宜使这样的机构和行为给人过于平民化、大众化的印象。”另外，我也强调了“人民法院”这一名称可能给国际认知带来的含糊和误导。这篇访谈发表自然引起了轩然大波，数以万计的网络言论作出了各种各样的评论。你们知道“人民”这个标签在中国具有的特殊的符号意义，将它去掉好像是要改变中国的社会主义性质。如此激烈的争论导致了最高层的关注，甚至是对于最高法院的不满，于是最高法院的发言人也只好赶快出面“澄清”，说这只是某些学者的主张，决不代表最高法院的立场。据媒体报道，“对贺卫方的这一提议，[最高法院]该负责人明确表示，
宪法规定中国四级法院为‘人民法院’，这不仅规定了中国法院的称谓，更重要的是规定了中国法院的基本性质。中国法院是中国共产党领导下的国家审判机关。中国法院行使审判权，是由体现人民意志的
宪法和法律赋予的，为人民掌好、用好审判权是人民法院的法定职责。”结论当然很明确，坚决反对去掉“人民”。
