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另外，公司所有权与经营权之间关系没有充分合理化，不存在熊彼特（J. A. Schumpeter）所设想的那种作为创新主体的企业家阶层（民间主导的科研投资显然更注重效益），保护知识产权的制度尚未健全等，也都在不同程度上压抑着对科技开发进行大规模投资的意愿和效率。
鉴于专利申请和实施方面的畸形，根据中国今后经济发展的需要，近年来，政府开始加大资金投入，以推动企业和科研单位的集体性技术开发活动。其结果，从2001年起，专利申请中职务发明的件数开始超过非职务发明的件数。在2006年1月9日闭幕的全国科技大会上，又提出了建设“技术创造型国家”的基本方针。就在这个关头，“汉芯”系列丑闻浮出水面，令人扫兴，但也及时向社会敲响了一记警钟：要提高经济的技术集约度、实现自主创新，不仅要加大资金投入，还需要改进制度条件，特别是加强审核监控、清除腐败、提高资金运用实效。否则，即使技术开发经费对GDP的比值从不到1%增大到像德国（2.5％）、美国（2.7％），甚至日本（3.1％）那样的规模，还是难免通过各种漏洞流失掉，或者得不偿失，或者血本无归。
实际上，陈进的“炼金术”虽然成本低、盈利大，却并不高明。买来十块MOTO－freescale的56800芯片，雇用几个磨砂纸的民工，委托一家印字装潢的公司，剩下的就是申报项目、“以钱圈钱”的集体公关活动。既没有韩国“克隆之父”黄禹锡那样尖端的实验技术水准，也没有日本“金融资本主义骄子”堀江贵文那样在灰色地带操作法律制度的巧妙。陈进的所谓“自主创造”，无非报表资料等文书的创造而已。就这么个简单骗局，居然可以在上海交通大学标榜三年、红遍官产学各界、正式立项四十余次而不败露、获取资金上亿元，甚至还要进一步到国家军备部门去蒙混，真让人感到心寒齿冷。
如果不切实改变制度条件，随着社会结构的复杂化，浑水摸鱼的机会将更多，危害将更大，连锁反应的效果将更深远。如果这类从学界通往魔界的豁口继续存在并扩大，那么过不了多久，整个局面势必变得根本无从收拾。
为了避免失地陷城引起全盘崩溃，为了严正法纪、整顿民气，即使“挥泪斩马谡”，也应该在所不辞。何况从已经发表的事实情节来看，“汉芯”诈骗显然具有触犯刑律的重大嫌疑，的确有必要在司法程序上立案，一查到底，惩前毖后。但更重要的还不限于制裁个人，而应该更进一步，在坚持加大科研投资规模、继续鼓励自主创新、始终信任大多数科学技术研究者的同时，全面推进体制改革，拆卸那张不断孕育腐败的温床。
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