“三定方案”的制度缺陷是非常明显的：第一，机构改革容易受到行政领导人价值偏好的影响，机构改革缺乏长远的目标和对许多具体问题（如公务员制度、机构撤并和新建、职能调整和分配、编制、行政经费等）进行细致深入的研究，并在此基础上坚持不断地贯彻，因此行政机构在政府换届之际甚至很长时期内，工作缺乏稳定性和延续性；第二，中央政府机构与地方政府机构的改革步调不一致，往往到下一轮改革开始时， 上一轮地方机构改革还未结束，由此造成中央政府和地方政府之间由于机构设置的混乱而缺乏有效的信息沟通和行政协调；第三，许多改革习惯于“一刀切”，如不考虑具体机构的工作负荷差异，人员编制按同一比例削减；第四，由于大规模和频繁的机构调整，造成行政资源的大量浪费，也造成行政交易成本的上升，从而降低了行政机构和政府的可信度。
４．中央和地方政府之间缺乏明确的事权和财权划分
我国虽然属于单一制的国家，但究竟是分权性的还是集权性的则很难断定。一方面，我国宪法规定，地方政府对地方最高权力机关人民代表大会负责，并对政府的行政权力进行了明确的划分，似乎具有英国式的地方自治特点；另一方面，
宪法又规定，我国的国家机构实行民主集中制原则，并授予最高行政机关国务院统一领导全国地方各级国家行政机关的工作，规定中央和省、自治区、直辖市的国家行政机关的职权的具体划 这与法国式的中央集权又更为相似。但虽然省级地方政府有了这些法定职权，却不等于就有了权力实现它们。因此在这种模棱两可的法律规定形式下，地方政府的实际权力就需要通过上级政府授权的形式获得，由此决定了地方政府实际上中央政府的派出机构，必须服从中央政府的领导；中央政府可以随时委托地方政府各种行政事务，地方政府则必须接受中央的调遣和指挥，充分履行中央政府的政策。
由此可见，我国基本属于中央集权性的国家结构。在这种结构下，本来中央政府可以随意调整具体行政机构的纵向设置（如药监、环保、安全生产），但为何在实际执行过程中困难重重甚至以失败而告终呢？笔者以为，这与我国不同于英法两国的党政不分和非公共的财政制度有关。这些制度虽然形成于计划经济时期，但并未结合市场经济体制的逐步建立而做出根本性的调整，反而继续扭曲着我国政府间的关系。
首先，长期的党政合一，使政府间关系变成党内组织关系。
