１．独立性
无论在经济性监管领域（垄断产业）还是在社会性监管领域（居民安全和健康），中国目前的行政监管机构都不同程度地存在政企不分、政事不分、政资不分和政社不分的事实。一些机构存在集宏观调控、市场监管和公共服务三项职能或其中两项职能为一体的现象，不但使其本身的市场监管难以做到公正公平，而且还严重影响了其他专业监管机构的独立性，使后者难以完全发挥其监管职能。
如国家发改委，除了制定国民经济和社会发展规划，还从事投资审批和价格监管的职能，而实际证明，它的后两项监管职能的效果很差，但由于没有法律约束，却不用承担任何责任；如铁道部，集铁路产业政策、行业准入监管和政企不分为一身，固守着行政性垄断，使民营资本难以进入铁路行业，导致铁路依然是制约国民经济发展的瓶颈。卫生部也存在类似问题。再如国资委，主管中央国有企业的资产、人事和财物，如果监管 机构（如电监会和证券会）的监管政策（如价格调整和信息披露）可能影响到国有海内外上市企业的利润，则必然会受到国资委的反对。
如果不改变这种状况，行政监管机构就很难具备独立性，很难摆脱部门偏好，从而难以在中立的立场上公正执法，或者难以有效利用有限的行政资源，难以从源头上遏制寻租和腐败的机会主义倾向。
２．合理性
随着市场主体多元化和市场资源配置的作用逐步加大，有些机构设置所立基其上的行政职能实际上在逐步减少，他们的存在反而有碍经济社会体制的深化改革。如信息产业部，除了对无线电频谱和几大基础电信运营商进行互联互通监管外，其他的职能几乎完全可以由市场和协会组织去承担；再如体育总局、广播电影电视总局、文化部、教育部、卫生部，其下属的事业性单位基本走上了企业化运作的轨道，随着这些领域民营经济 的逐步壮大，这些机构的存在很难为这一新生的市场提供公平竞争的市场环境。因此应该逐步弱化这些机构的行政职能。虽然行政审批改革依据《
行政许可法》确立的合理性原则对现有行政（监管）机构的审批性职能进行了一些废除，但大量实质的行政性审批职能却因为“合法”而被保留了下来，这些被保留下来的审批职能又通过新的机构改革“三定方案”被再次合法化。
3．合法性
我国的行政管理体制改革一直缺乏完善的法律环境。在发达国家，进行一项行政改革，必须进行相当长时间的立法工作。比如说要成立或者撤销一个机构，都要通过相应的法律来规定。而我们的机构改革不是这么做的，通常是采取三定方案，这样做出现过很多问题，一些行政机构并没有合法的地位，也没有一部法律来授权它管理这个行业。
