1996年11月，第二次出任日本首相的桥本龙太郎提出了实施行政改革、经济结构改革、金融体制改革、社会保障结构改革和财政结构改革的政府工作任务。其中行政改革的主要内容是精简政府机构，削减国家公务员，而让一部分隶属于政府的机构成为独立行政法人是削减政府工作人员的主要途径之一。独立行政法人化改革是作为2001年中央省厅重组的一部分进行的，其核心思想则是借鉴了英国的“执行机构”制度。
　　1.独立行政法人化改革的历程
　 1997年7月，《独立行政法人通则法》获得通过，至该年12月为止，总共通过59个独立行政法人的特别法。但真正的改革从2002年4月才开始。为与中央省厅重组相配合，　将内阁府、总务省、厚生劳动省、农林水产省等省下属的研究所、档案馆共几十家直属机构改成“独立行政法人”。2003年，38家特殊法人也走上了独立行政法人化的道路。此后，日本政府还在清理“特殊法人”制度时，将理化学研究所、学术振兴会等部分“特殊法人”改建成了独立行政法人。2004年4月1日，全国89所国立大学成为独立行政法人。
　　2.评价
　　 虽然1996年10月自民党的选举宣言借鉴了英国“执行机构”制度的核心要素，比但其实英国的“执行机构”制度和日本的独立行政法人制度背后的思考是不一样的：英国引入“执行机构”制度是为了进行公共服务领域的管理改革，而日本的独立行政法人制度却是为了精简政府机构，削减公务员的编制。英国“执行机构”制度最重要的目的——改进公共服务的质量、提高效率——却没有反映在日本的独立行政法人制度里。日本的政府官员们是从削减政府职能和效率化的角度来认识独立行政法人制度的，他们认为法人化将会通过剥离执行功能，缩小中央政府的管理范围和规模。既然政府日益增多的事务和日益恶化的财政状况，是由于在现行的体制下，中央政府的官僚既要规划政策又要实施政策，那么两者的分离将会阻止政府膨胀的趋势，只有把政策实施功能剥离出去才能彻底精简政府机构。[6]
　　(三) 政策评价制度
　　 政策评价即对各级政府制定的政策是否顺应民意，是否符合实际，政策实施是否达到了预期效果进行分析评定的过程。它是监督政府工作，提高政府决策水平的一项重要措施。长期以来，日本行政管理法律中没有关于政策评价的规定，在实际管理中，政策评价工作主要是在本部门完成的。但这种体制存在明显的缺陷，因为自己评价自己制定的政策不可能做到客观公允。[7]日本各级政府的政策制定过程中存在各种问题：政策规划部门的僵化、实施部门的非效率与不透明造成的政策决策过程的封闭性、政策评估与反馈机能的不健全。为了改变这种状况，2001年6月日本专门通过了政府政策评估法案（GPEA），希望能够借此提高政府的透明度，加强官僚体制对公众的问责度，改善公共行政的质量。2002年4月该法案开始实施，全面引入政策评价体系。GPEA是参照1993年克林顿政府的联邦政府绩效和结果法案（GPRA）制定的，GPEA与GPRA有相似之处，但在几个关键的方面存在不同点。

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