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在国外，电子邮戳、加密狗、智能卡等信息安全服务与产品上都已经爆发专利侵权诉讼。2004年，我国深圳招商银行也因为使用了侵犯第三人专利权的智能卡产品而被告上了法院。但是，信息产业部第35号令忽略了专利问题：没有自主专利权的电子认证服务机构将无法保护自己、代理商、经销商、商业用户，因为专利权人可以仅仅控告使用电子签名的当事人，要求其停止使用侵权的方法、装置、产品，更可以另行控告电子认证服务机构，及其代理商、经销商。一旦银行、军工企业、高新技术企业等大量购买和使用电子签名服务，没有自主专利权保护的电子认证服务将给我国的电子交易秩序带来巨大的专利隐患。
事实上，原有的100多家电子认证服务机构大都缺乏自主知识产权保护。例如，专利检索结果显示，书生电子印章中心及其关系企业没有任何一项保护其电子签名服务的中国专利。中国安全电子印章信息网的运营商——北京企通互动电子印章安全认证中心、北京玫瑰坊电子商务咨询管理有限公司，以及11家战略合作伙伴都没有一项涉及电子签名、数字签名的中国专利。第12家战略合作伙伴——深圳明华澳汉科技股份有限公司拥有几项保护电子签名存储、读取装置的中国专利，但是其竞争对手北京飞天诚信科技有限公司、北京握奇数据系统有限公司、北京赛孚耐信息技术有限公司等在相关技术领域拥有更多的中国专利。总体上，中国安全电子印章信息网提供的服务缺乏自主专利保护。
二、自有专利市场化，老外不足惧
经初步统计，中国专利局公开或授权的电子签名技术专利约63篇，其中，国外申请不足1/3。国外机构申请的专利大多指向基础发明，其获得商业应用的可能性较大，例如艾利森电话股份有限公司的第02813914.3号申请保护用于检验电子签名的方法和系统以及电子签名设备，因芬尼昂技术股份公司的第98808094.X号申请保护安全产生电子签名的装置，格姆普拉斯公司的第01802929.9号申请保护加速电子签名传输的方法，韩国电气通信公社的第95105121.0号申请保护交换、鉴别和标记电子签名的方法，国际商业机器公司的第03142492.9号申请保护电子签名验证方法和装置。此外，三星电子株式会社、塞特科有限公司、皇家菲利浦电子有限公司、韩国稀客股份有限公司、英特尔公司、微软公司等也在中国部署了一些重要的电子签名专利。
中国机构和个人的专利申请所涵盖的技术领域、应用领域都非常广泛，但是很多专利技术缺乏不可规避性。例如，上海电子商务安全证书管理中心有限公司第01139001.8号申请保护一种电子签名的防伪方法，第01132398.1号申请保护电子签名的校验方法及装置。和其他大部分中国CA机构不同，上海电子商务安全证书管理中心有限公司全力冲击电子签名市场的同时在积极部署专利。虽然其专利技术缺乏不可规避性，但是一旦被嵌入行业标准，其垄断国内市场，抗御国外专利打压的潜力很大。
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