但是，一些法律专家认为这个案件的裁决对我国医药产业的影响将非常重大。有专家认为，通过这个案件，国外企业希望中国法院做出一个对它们有利的判例：第一，裁定它们在1993年1月1日前在中国申请的新药制备方法专利有效，而且对这种专利的保护与中国此前不保护药品、化学品专利的立法原则不相抵触；第二，裁定新药申请中的试制行为构成专利侵权，从而帮助他们把专利侵权扼杀在新药申请阶段。
对于上述第一个问题，有专家主张，1993年1月1日前，我国只对药品、化学品的制备方法授予专利，而不授予药品、化学品专利。当时，我国一些单位为依法“抢先仿制”疗效好的外国专利药，研制了自己的制备工艺。然而，外国企业在1993年1月1日之前提交中国专利局的大量医药专利申请中，涵盖了一些制备方法权利要求。虽然撰写形式属于方法权利要求，但是，从保护效果看，这些制备方法权利要求实际上保护了包含相关化合物的全部药物组合物。其结果是：“我国医药企业可以使用自己研制的工艺生产该化合物，但是不能制成药品，因为只要与载体或稀释剂混合，就侵犯了外国人的制备方法权利要求；但是不与载体或稀释剂混合，就制不成药品。这类方法专利涉及1985年至1993年间外国人申请的成百上千的专利，对我国医药界新药的研究与开发及自主知识产权的形成影响极大。”徐国文等一大批知识产权专家一致认为，如果我国对这类专利提供保护，那么我国在1993年之前不保护药品、化学品专利的立法原则就形同虚设了。而且，一旦我国对这类专利提供保护，我国未来几年的仿制药研发、推广空间将被严重挤压，国内大批制药企业的生存与发展困境将更加严重。
不过，也有专家认为，我们不能简单地认为保护上述制备方法专利就会违背我国1993年之前不保护药品、化学品专利的立法原则。我国1985年实施的《
专利法》第
二十五条规定，对药品和用化学方法获得的物质不授予专利权。1992年年9月4日，全国人大通过了《全国人大常委会关于修改
中华人民共和国专利法的决定》。该决定删除了上述规定。它从1993年1月1日起施行。该决定施行前，任何人提出的中国专利申请和根据该申请授予的专利权，适用修改以前的
专利法的规定。但是，专利申请在该决定施行前尚未依照修改以前的
专利法第
三十九条、第
四十条的规定公告的，该专利申请的批准和专利权的撤销、宣告无效的程序适用修改后的
专利法第
三十九条到第
四十四条和第
四十八条的规定。实际上，我国《
专利法》拒绝对疾病的诊断和治疗方法、动物和植物品种授予专利的规定，仅在于禁止对撰写为疾病诊断方法、疾病治疗方法、动植物品种权利要求的专利申请授予专利权。与之相类似，我国1985年《
专利法》的上述规定的效力也仅在于禁止对撰写为药品、化学品的权利要求授予专利权。因此，只要申请人能够用符合法律规定的权利要求撰写形式提交专利申请，行政、司法机关就不能仅仅依据法律对专利客体的限制性规定而拒绝给予专利保护。实际上，虽然《欧洲专利公约》禁止对疾病诊断方法、疾病治疗方法、动植物品种授予专利权，但是这些规定实际上已经在很大程度上被申请人成功规避了。其主要的规避方式就是改换权利要求撰写形式。在美国，判例法也曾经禁止对纯粹的计算机软件授予专利，但是在专利审查、诉讼、无效法律实践中，这个判例法原则也早就被成功地规避了。其主要的规避方式也是撰写符合法律规定的权利要求，实现相同的保护效果。尽管欧美地区存在上述法律实践，但是没有人主张上述实践违反了关于专利客体的法律原则，更没有人通过法律程序挑战、质疑上述法律实践。
进一步说，即使对上述制备方法专利的保护与中国此前不保护药品、化学品专利的立法原则相抵触，我国相关部门也不可能据此对相关专利宣告无效或者拒绝对其提供专利保护。首先，从新颖性看，把化合物与药学上可接受的载体或稀释剂相混合的药物组合物制备方法权利要求中，只要化合物是新的，则该权利要求具有新颖性。美国专利律师叶琏刚甚至认为，"如果化合物是全新的，那么凡是涉及到使用这个化合物的方法也必然是全新的，所以应该保护。这个方法专利，实质上保护了这个化合物所有的药物用途。"
