关于国有土地使用权出让合同的性质，学理上一直有三种说法：行政合同说——旨在实现政府对土地的宏观控制管理；经济合同说——旨在实现政府对经济的宏观调控；民事合同说——旨在土地作为一种用益物权进入市场流转。此三种说法其实分别是计划经济观念、有计划的商品经济观念、社会主义市场经济观念的产物。因此，随着市场经济的发展，民事合同说已成为主流。
目前我国正在使用的《国有土地使用权出让合同》示范文本（GF-2000-2601），其性质亦偏重于民事合同，部分地带有行政合同的性质。因为，无论就该合同的签约主体、签约过程（协议、招标、拍卖、挂牌）、合同形式及重要的合同内容、合同目的（创设一种用益物权，土地使用权需办证，即公示，只有物权才需公示）哪一方面看，国有土地使用权出让合同都是民事合同。特别值得强调的是，按《
城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第
十一条的规定：“土地使用权出让合同应当按照平等、自愿、有偿的原则，由市、县人民政府土地管理部门与土地使用者签订。”平等当然是主体的平等，即土地的出让方与受让方具有平等的法律地位，这与行政合同中行政主体与行政相对人不平等的法律地位是有天壤之别的。
也因此，
最高人民法院《民事案件案由规定（试行）》才将土地使用权出让合同纠纷列为第5个民事案由。而国土资源部、国家工商行政管理局在《关于发布<国有土地使用权出让合同>示范文本的通知》中，已明确发布该示范文本是“为贯彻落实《
中华人民共和国土地管理法》、《
中华人民共和国城市房地产管理法》和《
中华人民共和国合同法》”。
主要是因为《国有土地使用权出让合同》示范文本的部分内容，约定出让方享有相应的优益权，因此，该合同仍部分地带有行政合同的性质。比如，该合同第二十三条约定的是对受让人闲置土地的处理，应该理解为系行政特权条款。如若不然，则出让方作为民事主体，可追究受让人的违约责任——有权（权利）征收土地出让金20%的闲置费；另外，出让方作为行政主体，按《
城市房地产开发经营管理条例》第
十五条或《闲置土地处理办法》第四条的规定，还可对受让人进行行政处罚——有权（权力）征收土地出让金20%的闲置费。——这显然不公正的。
