根据《
上市公司章程指引（2006年修订）》第
25条，因公司合并而进行的目标公司股份回购，应当经过股东大会决议。但是，《
上市公司章程指引（2006年修订）》以及《
上市公司股东大会规则》均未进一步明确该等决议是否需要2/3或以上表决权的特别决议通过。尽管如此，根据《
上市公司股东大会规则》第
31条，在就为私有化而进行的股份回购进行表决时，合并方仍应当回避表决。在这方面，《股份购回守则》第3.3条明确规定了类似《公司收购及合并守则》第2.10条有关批准合并之决议的条件，即该等股份回购决议需要同时满足如下条件：（a）出席会议的独立股东所持表决权的75％或以上同意；以及（b）就该决议所投的反对票不超过全部独立股东（包括未出席会议者）所持表决权的10％。另外，《股份购回守则》第3.3条还进一步规定，在为实现私有化而进行股份回购时，如果目标公司的董事及其一致行动人持有目标公司的股份，则该等人员将不属于目标公司的独立股东，应与合并方一样需要回避表决。
相比由目标公司进行股份回购而言，通过合并方收购独立股东所持股份然后注销该等股份相对更为简单。例如，在中石化对北京燕化的合并协议中就约定，由合并方通过银行直接向同意合并的独立股东的证券帐户支付合并对价，然后该等同意合并的独立股东所持股份即视为注销。该等方式下，只需要就合并方案进行表决即可，无需再就股份回购决议表决。而且，在就合并方案进行表决时，也并未如同表决股份回购决议时那样要求目标公司的董事或其一致行动人回避。
不论是由合并方收购或由目标公司回购，对批准公司合并的股东大会特别决议持有异议的独立股东，通常有权要求目标公司或合并方以公平价格收购其所持剩余股份（例如《
公司法》第
143条）。但是，如果既不同意合并也未于合并决议通过后要求目标公司或合并方购买其股份，该等股东所持剩余股份将会被换成合并方的股份或股权，因为为私有化而进行的吸收合并需要注销目标公司的全部股份。该等兑换通常是由合并方按前述剩余股份所占目标公司的净资产额增加合并方的相应注册资本金，然后将该等新增注册资本金登记于前述独立股东名下。
