两部《特别行政区基本法》和有关“办法”，仅仅涉及特别行政区的人民政协全国委员会委员参加特别行政区行政长官选举委员会或者参加全国人民代表大会代表选举会议的资格问题，并无对于人民政协制度本身的规定。
实践中，人民政协履行职能的主要依据，是
国务院办公厅《关于认真办理人大代表建议和政协委员提案的通知》，和中共中央办公厅、国务院办公厅转发的《全国政协办公厅关于办理政协提案的意见》。它们在法律意义上仅仅属于普通规范性文件，效力层次明显不高。
至于人民政协全国委员会制定发布的《关于政治协商、民主监督的暂行规定》和《提案工作条例》等，由于人民政协本身的法律地位尚不明确，该《暂行规定》和《条例》虽名曰“规定”、“条例”，但并不属于法（广义）的范畴，也不具有普遍性的强制效力和约束力。
人民政协在社会主义政治文明建设中的重大作用勿容置疑。政治文明的核心是民主。而民主的真正实现，最终须靠法律制度来保障。
按照《
宪法》的规定和中共中央有关文件精神，中国共产党领导的多党合作和政治协商制度“将长期存在和发展”。也就是说，不仅要“长期存在”，而且要“长期发展”。由此可见，人民政协制度的政治基础已十分雄厚，而法律基础与保障措施却明显不足。
四、现行人民政协制度的法律缺陷
宪法是民主政治制度的根本基础，是国家的根本大法。我国《
宪法》规定了“中华人民共和国的一切权力属于人民”，但在现实生活中，由于缺乏具体的法律规范，
宪法上的一些原则和权利未能很好地得到有效的实施。人民政协制度是其中一个典型例子。
人民政协制度虽然已经写入
宪法，但它只是为人民政协制度的存在和发展提供了一个基础性平台。多年的实践活动积累，也为人民政协参与国家政治生活初步形成了一个大致完整的制度框架。但是，在人民政协职能活动的具体实施方面，长期以来无法可依，缺乏法律上的制度保障，和相应的评价与监督。因此，人民政协的职能活动和相关单位、个人的有关行为，都存在着极大的随意性，没有法律上的规定与约束。如在政治协商的具体范围、内容、程序、方式，民主监督的对象、方式、程序及其保障措施，参政议政的权限、范围、原则、方式等等方面，都缺乏具体的、具有普遍约束力的行为规范，尤其是法律层面上具有强制性普遍约束力的可操作性规范。人民政协的政治协商、民主监督和参政议政，事关国家重大问题，却长期出在法律的“体制之外”，长期处于“无法可依”的状态。
《章程》和“暂行规定”都不是法律，不具有对人民政协外部的各种单位或者个人的普遍约束力，由此导致政协委员的意见、报告、提案等，送交有关部门后石沉大海，政协委员的视察、调研遭冷遇甚至拒绝（即使拒绝也并不违法），监督工作往往是借助于“老领导的余威”、“新书记的开明”、“主席的个人魅力”等等。这种现象与实现社会主义政治文明和依法治国的要求，极不相符。
