修改后，存疑不起诉的条件发生了很大的变化，因为补充侦查的形式只有检察机关自行侦查一种，使得存疑不起诉的公安机关侦查的案件，须经两个机关的侦查，检察机关对拟作不起诉决定的案件，必须进行补充侦查，条件更加严格。
⑻关于要求提供法庭审判所必需的证据材料的规定，已被新增的侦查监督条款所包含，在此条中可省去，但如果保留，也无不可。
3、删除第一百四十四条关于公安机关要求对不起诉决定复议、复核的权力，公安机关没有起诉及刑事处罚的主张权，自然不应该有此复议、复核权。
五、侦查监督相关制度的立法完善
（一）刑事法律监督原则的修改和完善
刑事诉讼法第
八条规定：“人民检察院依法对刑事诉讼实行法律监督”，这是
宪法关于国家法律监督机关的规定在
刑事诉讼法中的直接反映，但是，
宪法第
一百二十九条是概括性的规定，将“法律监督”简单地以“对刑事诉讼实行法律监督”移植到
刑事诉讼法中，虽然文字相差不多，但意思相去甚远，曲解了
宪法的精神，使法律监督不再监督法律的实施，而只监督刑事诉讼活动。
有关刑事的法律监督和刑事诉讼监督，存在重大区别：在刑事法律方面，法律监督的作用，是维护
刑法和
刑事诉讼法的统一、正确实施，维护刑事法律的主要途径，则是打击犯罪，追究犯罪的刑事责任。在
刑事诉讼法中将法律监督表述成刑事诉讼监督，显然遗漏了打击犯罪、追究犯罪责任这一主要内容，使作为刑事诉讼主体的检察机关，却主要定位于刑事诉讼的监督者的地位，将检察机关置于既当运动员、又当裁判员的尴尬境地。检察机关监督法律实施的职责，使检察机关在追究触犯
刑法的犯罪人的刑事责任的刑事诉讼中，是代表国家揭露和指控犯罪、主张处罚的公诉方，而不是刑事诉讼的当事方以外的、既不追求刑罚也不袒护犯罪的监督者。
根据对刑事诉讼实行法律监督的
刑事诉讼法原则，刑事检察工作在理论和实践中均分为侦查监督和审判监督，虽然可以把直接受理侦查的权力勉强的理解为侦查监督权的从属权，但是起诉权无论如何都无法归入审判监督权以及刑事诉讼监督权之内，而成了一种和侦查监督、审判监督甚至和刑事诉讼监督并列的权力，这无疑暴露了
刑事诉讼法第
八条的严重缺陷。
刑事诉讼法第
八条的缺陷，严重制约了刑事检察理论和实践的发展，非改不可：
建议将第八条修改为“人民检察院代表国家追究犯罪的刑事责任”，因这一修改明确了检察机关享有侦查权和起诉权，应当列在具体规定侦查、起诉任务的第三条之前。
以追究犯罪的刑事责任作为刑事诉讼中的法律监督原则，不但解决了检察机关实施侦查监督的依据，而且也解决了享有起诉权和实施审判监督的依据。审判监督具有与侦查监督完全不同的性质，正确把握二者之间的区别，对于正确认识侦查监督的性质是非常必要的：
1、审判权是
宪法设置的和法律监督权平等的权力，所以对刑事审判的法律监督不是凌驾于审判活动之上的权力，审判监督也不能必然引起改变判决的结果，不象侦查监督那样直接发生影响侦查活动的法律效力，而是以要求再审的方式予以纠正。
2、审判监督的主要方式是通过对错误的判决、裁定提出抗诉，引起二审或审判监督再审程序。提出抗诉依据的是犯罪责任追究机关的起诉权，检察机关主张对犯罪人判处与其罪行相适应的刑事处罚，自然应该对审判活动采信证据、认定事实、适用法律以及确定刑罚中的错误提出不同的意见。抗诉权与被告人的上诉权的法律地位是基本相当的，只是提出抗诉后，均能引起再审的开庭审理罢了。
3、至于对审判活动中的违法行为的法律监督，作为公诉机关，与被告人的权利也基本相当，但由于是国家的专门机关，在主张处罚的同时，有能力也有责任保障被告人以及其他诉讼参与人的诉讼权利，而不能抛开法律规定而追求有罪判决，所以与被告人相比，在享有基本相当的权力的基础上，还体现为一种监督的义务。被告人如果发现了审判活动中的违法情况，可以提出来，也可以放弃自己的权利；但是检察机关是不能放弃这种职权的。
4、抗诉权实际上是起诉权的延伸，仍然是刑事处罚的主张权，即主张对犯罪人给予适当的处罚，在表现形式上则体现为反对
刑法的畸轻畸重和违反程序进行审判。抗诉权的性质和起诉权是一致的，并没有超越起诉权。
（二）取消刑事自诉制度
刑事自诉制度是1996年
刑事诉讼法修改的重要内容，这一制度的出台，在一定程度上造成了刑事理论的混乱和司法实践中的困惑：
1、刑事诉讼是为了维护刑事法律、打击犯罪而进行的一项国家行为，主要目的是追究犯罪人的刑事责任，作为和犯罪人处于平等地位的被害人，无权对他人提起刑事诉讼、主张刑事处罚而动用国家机器、启动刑事审判程序。主张刑事处罚是一项国家权力，是法理学上的公权力，任何自然人都无权行使，任何自然人既没有权力、也没有义务就违反
刑法的行为提起诉讼。
2、刑事公诉的提起有严格的标准和程序，
刑事诉讼法没有、也不可能对刑事自诉的提起规定类似的标准和程序，但是，一旦进入刑事审判程序，被告人就被置于强大的国家机器的对立面，就有可能被采取刑事强制措施等，而丧失一部分权益，这一结果，不应由处于平等地位的自诉人的起诉决定而引发。
3、在刑事自诉案件中，由于是否提起诉讼是自诉人的权利，规定自诉人的自行和解、撤诉权以及法院的调解权是必然的，但第一百七十二条、第一百七十条第三项又规定“对被害人有证据证明被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件”不适用调解，且不论这一规定是否合理，其与刑事自诉案件的一般规定之间的矛盾，反映出了刑事自诉制度本身的缺陷，而且，强调对一个可以自行和解或者撤诉的案件不适用调解，并没有多大实际意义。
