1、将第一百三十八条“人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。”修改为“对于侦查终结的案件，人民检察院应当在侦查终结后一个月内作出起诉或者不起诉的决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。”列于第一百三十六条之后。
公安机关没有起诉的权力，不应该在
刑事诉讼法中出现“公安机关移送起诉”的规定；由于公安机关对拟终结侦查的案件，要写出侦查终结报告后连同案卷、证据材料一并移送检察机关决定，检察机关在决定侦查终结后转入审查起诉，也不存在移送起诉的环节。
从本质上讲，刑事诉讼可分为侦查和审判两个阶段，但在目前的理论和实践中，还有审查批捕、审查起诉两个阶段，甚至还有预审阶段。预审不是独立于侦查的一个阶段，这一点无需赘述；审查批捕也不是独立于侦查的一个阶段，而是侦查过程中需要采取逮捕措施时的一种审批制度，并没有因此改变对案件进行侦查的性质，这一点也是容易理解的；笔者认为，审查起诉阶段的本质属性，仍然是对案件的侦查，目的是核实和完善证据，对尚不符合起诉条件的案件，还要补充侦查。只有向审判机关递交起诉书后，刑事诉讼的性质才发生了根本转变，从侦查阶段转入了审判阶段，刑事诉讼的主要工作不再是调查犯罪事实、收集证据等等，而是确认犯罪、确定刑罚。
此条是起诉的一般性规定，应该提前到规定起诉权的条款之后，并规定案件侦查终结后的两种处理方式以及期限。
2、关于改变管辖后计算期限的问题，涉及侦查、起诉、审判各环节，应当在第七十九条之后增加一条，同时删去第一百六十八条第二款关于人民法院改变管辖后计算期限的规定：
“人民检察院或者人民法院依法改变管辖的，自改变管辖后的人民检察院或者人民法院收到案件之日起，重新计算办案期限。
公安机关认为应当改变管辖的，应当提请人民检察院决定。”
由于立案、侦查终结和起诉均由检察机关决定，检察机关改变管辖包括侦查和起诉两个阶段，在侦查和审查起诉阶段发现不是本地区的同级审判机关管辖的案件，均应移交有管辖权的审判机关的同级检察机关。公安机关在侦查过程中发现应当改变管辖的，应当提请原立案并承担侦查监督任务的检察机关决定，由检察机关改变管辖，并随检察机关的管辖改变，改变负责侦查的公安机关。公安机关在侦查过程中改变管辖的现象经常发生，但现行
刑事诉讼法没有明确的规定，不但使公安机关改变管辖后的办案期限无法计算，而且对侦查中改变了管辖的案件的监督也成了问题。
3、第一百四十条修改为：
“对于侦查终结的案件，人民检察院认为需要补充侦查的，应当自行侦查。
人民检察院进行补充侦查，可以在第一百三十八条规定的期限内完成，必要的时候，也可以延长一个月。
经过补充侦查的案件，仍不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。”
关于这一条的修改说明：
⑴由于侦查终结由检察机关决定，检察机关同意侦查终结后，公安机关不再承担侦查任务，检察机关应对自己的决定承担责任，所以取消了退回补充侦查制度；这一规定加重了检察机关决定侦查终结的责任，也加重了引导侦查的责任，有利于在第一时间查清全部犯罪事实、收集充分的证据，使补充侦查成为一种例外。
⑵虽然在绝大多数情况下，公安机关对检察机关退回补充侦查的案件，能够按照补充侦查提纲进行补充侦查，但是不按补充侦查提纲进行补充侦查，或者在没有取得补充侦查提纲要求的证据的情况下，再次移送审查起诉的现象也不少，检察机关的退回补充侦查决定，对公安机关的约束力不强。侦查终结，是公安机关在认为犯罪事实清楚，证据确实、充分的时候作出的决定，因此，公安机关对检察机关的退回补充侦查决定，往往报有抵触情绪，由于
刑事诉讼法还规定了检察机关的自行补充侦查权，但实践中补充侦查多是退回公安机关，自行补充侦查的较少，公安机关对动辄退回的做法很不满。检察机关对公安机关没有完成补充侦查任务的案件无法拒绝接收，对于检察人员按照补充侦查提纲进行审查，拒不接收没有完成补充侦查任务的案件的做法，公安人员甚至提出过邮寄移送的办法。补充侦查有最多二次的次数限制，二次以后再不能退回补充侦查了，不论案件存在多少问题，也只能由检察机关自己解决。
⑶实践中还存在一种以退回补充侦查的方式延长办案期限的做法，退回公安机关补充侦查一次，可延长办案期限二个月（在基层公安机关侦查终结后，移送基层检察院审查起诉，该基层检察院经过近一个月的审查，又移送上级检察院管辖的情况下，如果该上级检察院行使二次退回补充侦查权，均退回到原审查起诉的基层检察院，而该基层检察院又二次退回到原侦查的基层公安机关，则可以因退回补充侦查延长八个月办案期限！这是一个极端的例子，一般而言，由于时间宽裕，退回补充侦查的案件被搁置的现象，是很普遍的）；但延长相同的办案期限，需要省级检察机关的批准或决定，而且还有严格的条件限制。所以，取消退回补充侦查制度，可防止随意延长办案期限。
⑷由于检察机关有侦查终结的决定（或审批）权，部分退回补充侦查权，实际上提前到了审查侦查终结的环节。
⑸补充侦查在不退回公安机关的情况下，不宜以次数计算，故只限定期限。
⑹补充侦查的期限，根据现行
刑事诉讼法的规定，笔者建议为一个月，这一点供商榷；但获得这一个月的办案时间，须履行审批手续，所以应尽量在第
一百三十八条规定的期限内完成。
⑺经补充侦查仍不符合起诉条件的案件，是不能起诉到法院的，而且，不符合法律规定的条件的案件也不能撤消，故存疑不起诉是应当的，而不是可以。
现行
刑事诉讼法规定“可以”作出不起诉决定，是指也可以继续补充侦查，直至符合起诉条件为止，而不是也可以起诉。审判机关定罪处罚必须以清楚的事实和确实、充分的证据为依据，起诉也一样，是不能在明知存在问题的情况下进行尝试的，更不能通过协调或沟通以存在问题的事实和证据对犯罪嫌疑人定罪处罚（实践中，尝试、协调、沟通的现象并不少见）。规定“应当”存疑不起诉，并不是放纵犯罪，因为侦查终结应当做到事实清楚，证据确实、充分，而事实清楚，证据确实充分……的，应当起诉，所以起诉是刑事侦查的目的；不起诉则是对侦查以及补充侦查工作的否定，是公安机关和检察机关所不愿的，规定存疑“应当”不起诉，在要求严格起诉标准的同时，自然强化了刑事侦查的责任。
