（四）正确处理农民和集体土地所有权主体组织在征收补偿中关系。
由于前文所述我国农村集体土地产权立法的种种弊端，导致现实生活中农民与代表集体所有权的组织之间纷争不断，尤其是涉及土地征收补偿款，往往被集体经济组织截留，农民的合法权益得不到保护。因此，我国在立法上要充分考虑农民的利益诉求，强调土地补偿费主要用于被征地的农民。 国土资源部于2004年11月发布的《
关于完善征地补偿安置制度的指导意见》规定，土地补偿费主要用于被征地农户的原则，土地补偿费应在农村集体经济组织内部合理分配，具体分配办法由省级人民政府制订；土地被全部征收，同时农村集体经济组织撤销建制的，土地补偿费应全部用于被征地农民生产生活安置。但是，如何规范农村集体经济组织合理分配土地补偿费确是一个难以确定的问题。乔新生先生认为，在我国，农村集体经济组织是农民行使自治权利、通过民主选举建立的组织，而且由于集体组织需要一定的管理成本，集体组织成员容易损害农民的利益，所以，笔者赞同的观点，今后立法可以考虑在农村征地过程中，减少农村集体经济组织这一谈判环节，直接与农民打交道，将农村集体经济组织排除在外，让农民直接行使自己的财产权利。
(五)完善我国农村土地征收补偿程序
完善我国农村土地征收补偿程序，应包括行政程序与司法程序两个方面。
在行政程序中，除了规定补偿通知和公告、补偿登记并听取意见、审查或调查、协商并签订补偿协议、补偿争议的行政处理外，笔者建议规定先予补偿程序。即当国家实现知道其土地征收行为为了公共利益一定要损害被征地人的合法权益时，必须事先予补偿，然后才能进行征地，以防止拖欠补偿费用纠纷的产生。除非在由于国防、军事、公共防疫、公共安全而进行的土地征收等紧急情况下，不得进行事后补偿。另外，还需完善协商机制。在我国的征收补偿实践中，往往由政府土地管理部门和村委会举行谈判，以决定征收补偿的有关问题。农户往往被排除在谈判主体之外，这不利于对农户利益的保护。因为集体经济组织的利益和农户的利益并不完全一致，村委会或村干部并不能必然地代表农户的利益，相反，村干部往往会因为一己之私而损害农户的利益。解决这一问题的办法之一，是让农户选派代表参加谈判，以维护他们的自身利益。
在司法程序中，应将司法审查引入土地征收补偿争端解决机制。在目前的土地征收补偿争议中，主要表现为土地补偿标准纠纷、土地补偿费的归属纠纷、农村集体经济组织与其成员间分配上地补偿金的纠纷。
一是关于补偿标准争议，根据《
土地管理法实施条例》第
25条第3款的规定，对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决。由此可见，政府的裁决为终局裁决。这一解决机制的程序公正性令人怀疑。因为，征地补偿、安置方案是由市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征用土地方案，会同有关部门拟订，听取被征地方的意见后，报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施，而拟订、批准、组织实施征地补偿标准方案的都是参与利益分配的有关地方政府及其部门，但出现纠纷后，这些地方政府却是以与案件无关的独立者的身份来协调、裁决。例如，我国很多地方集体土地的征地单位大部分都是土地储备中心，而土地储备中心是是作为国土资源局的一个部门在开展工作，征地单位的主管部门是国土资源部门，如果引起征地纠纷，更有自己给自己裁决之嫌，政府部门自己充既当裁判员又充当运动员，这不符合法律上的公正原则。按照我国“谁用地，谁补偿”的原则，协调、裁决的应是用地方与被征地方的纠纷，但是该纠纷根本就不是用地方与被征收方的纠纷，因为用地方没有参与征收补偿标准的制定过程，补偿标准是由政府与被征收方协商的结果，征收补偿协议属于行政合同。所以对该纠纷用行政裁决来解决显然不妥，因为行政裁决是指行政机关依法对当事人之间发生的，与行政管理活动密切相关的，与合同无关的民事纠纷，因此，上述机制偏离了解决纠纷的价值取向，即公正性和公平性，以这种欠缺公正和公平而且是终局性的机制来解决此种纠纷难以保障当事人的合法权益，大量的征地补偿标准争议也从事实上说明了这一点。
土地征收补偿纠纷在不同的国家虽然有不同的解决机制和方式，但基本都规定了由司法机关或独立的第三方进行最后裁决。在新加坡，被征地方对征用赔偿有争议时，先由地税征收官作出决定，若对该决定不服，当事人可向上诉委员会上诉，对上诉委员会的决定仍然不服时，当事人依法可以向上诉法院上诉。在法国，公用征收的当事人双方关于补偿金额不能达成一致意见时，可向公用征收法官起诉，请求法院确定补偿金额。在加拿大，若土地所有者与征地机构就土地征用赔偿价格达不成协议，双方可以向谈判委员会如安大略省市政委员会请求仲裁，若不同意仲裁裁决，任何一方可向法院提出诉讼，请求司法裁判。在美国，如果政府和被征收方在补偿金额上无法达成协议，通常由政府方将案件送交法院处理。在德国，被征收方对补偿金额有争议时，应依法律途径向辖区所在的土地法庭提起诉讼。在日本，征用土地的赔偿争议虽然没有法院的司法审理，但该争议由独立于土地征用者和土地所有者之外的征用委员会依法定程序受理和裁决。可见为了保证被征收方的合法权益，通过司法机关或独立的第三方对土地征收补偿纠纷进行审理或仲裁是世界上主要国家的普遍做法，也是确保土地征用征收公平性的必然发展趋势。
