农村土地权属的立法界定不清，大量的补偿费无法为农民所掌握，严重损害了农民的利益。依照现行法律规定，青苗补助费和地上附着物补偿费应分配给该物的所有者，通常为农民个人所享有；安置补助费是为了确保被征地农民现有生活水平不降低而给予的补助，国家规定应由安置单位所享有。若农民自谋职业，应发给农民个人。但在实际补偿分配过程中，争议最多的是土地补偿费和安置补助费。但在实际补偿分配过程中，争议最多的是土地补偿费和安置补助费。首先是土地补偿费，据有关部门统计，如果土地出让成本价为100%，则农民只得5%－10%，村级集体经济组织得25%－30%，60%－70%为县、乡(镇)各级地方政府所得。[10]调查发现，“征地补偿费在实际的分配过程中乡村截留多，农民实得少。征地实施单位一般不直接面对农民个人，而是只面对村、乡两级，征地补偿费一般先经乡政府，再经村委会，最后才到农户，资金拨付一般也是直接到乡财政，只有个别地区直接到村。乡村截留得比例一般是：广东省，乡镇可得15%-20%，其余全部归村委会。福建省，经济好的乡镇有不留的，一般乡镇留10%-20%，经济困难的留30 % -50%，个别的乡镇对房地产开发项目留90%以上，余下的补偿费则在村和农民之间分配，一般村得50%以上。[11]由于农村集体土地产权关系混乱，产权主体不明，往往造成各级政府、村委会以及集体经济组织相互争当所有权主体，或通过各种名义克扣征地款，有些地方甚至存在村干部凭借权力分割征地款项，导致真正的所有权主体不能享受应该享有的利益。其次是安置补助费的分配，安置补助费的目的主要是用来安置征地后剩余劳动力的，由安置单位享有，但由于劳动用工制度发生了很大的变化，许多企业难以胜任妥善安置劳动力的重任，因此许多地方均采取货币安置的方式。部分安置费用在没有使农民得到妥善的就业安置条件下应由农民个人所享有，但许多地方并未按照国家规定足额发放，甚至完全没有发放到农民手中，而是被层层的截留。
第四，补偿方式单一，安置责任不明确。我国农村土地征收补偿方式只有金钱补偿和劳动力安置两种方式。只在
国土资源部《关于加强征地管理工作的通知》这一部门规章中规定了预留地和土地使用权入股补偿的方式。由于劳动用工制度发生了很大的变化，许多企业难以胜任妥善安置劳动力的重任，因此许多地方均采取货币安置的方式。单纯的金钱补偿无法使失地农民真正安置就业。农民失地后大量涌入城市，而农民由于缺乏技能和知识，无法在城市激烈的竞争环境中生存下去。待仅有的一点补偿金额用完后，失地农民就彻底失去了生存的依靠。此外，
土地管理法没有明确规定哪个组织来负责对失地农民的安置。
第五，补偿程序不完善、欠缺司法救济。补偿过程中虽有公告和听证的规定，但缺乏农民实际参与听证的保障渠道。法律规定征地补偿方案由市、县人民政府土地行政主管部门会同有关部门制定，补偿方案制定后才公告告知农民，对农民提出的意见只在确需修改的情况下才改动补偿方案，极大地限制了农民的参与权。另外，发生纠纷后，法院往往以征地补偿案件不属于民事案件为由不予受理，司法保护不能实现。现有的土地征收补偿法律法规没有规定对裁决不服的救济途径，《
土地管理法》第
十六条的规定主要是土地所有权和使用权的权属纠纷的救济途径，而不包括土地征收补偿纠纷的处理。根据现行《
土地管理法》的规定，征收各方不能对征地补偿标准达成一致意见的，由征收部门裁定，而且该裁定为终局裁定，相对人不能向人民法院起诉。这种制度安排，给征收方以过大的权力，而被征收方连起码的司法救济权都没有。双方的攻防武器严重失衡，极易造成对被征收人利益的损害。
上述一些问题，国务院于2004年10月发布的国发〔2004〕28号文即《
国务院关于深化改革严格土地管理的决定》以及国土资源部于2004年11月发布的《
关于完善征地补偿安置制度的指导意见》都进行了一定程度的改进。在补偿标准、安置途径、知情权、土地补偿费分配等方面出台了若干维护被征地农民利益的新规定，表现在：土地补偿费和安置补助费的统一年产值倍数，应按照保证被征地农民原有生活水平不降低的原则，在法律规定范围内确定；土地补偿费和安置补助费的总和达到法定上限，仍不足以使被征地农民保持原有生活水平的，当地人民政府可以用国有土地有偿使用收益予以补贴；用地单位在同等条件下应优先吸收被征地农民就业；对被征地农民视不同情况，分别实行农业生产安置、重新择业安置、入股分红安置、异地移民安置；在征地依法报批前，当地国土资源部门应将拟征土地的用途、位置、补偿标准、安置途径等，以书面形式告知被征地农村集体经济组织和农户，并应告知当事人对拟征土地的补偿标准、安置途径有申请听证的权利；按照土地补偿费主要用于被征地农户的原则，土地补偿费应在农村集体经济组织内部合理分配，具体分配办法由省级人民政府制订；土地被全部征收，同时农村集体经济组织撤销建制的，土地补偿费应全部用于被征地农民生产生活安置；省、自治区、直辖市人民政府要制订并公布各市县征地的统一年产值标准或区片综合地价，征地补偿做到同地同价，国家重点建设项目必须将征地费用足额列入概算。上述诸多内容相对于此前的征地补偿规定无疑是一种进步，但由于其效力层次较低和内容欠具体，它所能发挥的积极作用又注定是有限的。
