上述规定反映了我国征地补偿制度以牺牲农民利益换取城市发展，对农民利益缺乏保护，存在诸多问题：
第一、《
宪法》作为根本大法，对征地补偿应依据何种原则进行补偿并没有明确。
宪法作为根本大法，是一国法律、法规等规范性文件的立法基础，应该对基本的问题做出规定。考察国外的大多数
宪法，无论是“完全补偿”、“公正补偿”、“公平补偿”还是“相当补偿”，基本上对土地征收补偿的原则做出了明确的规定。它们对征地补偿制度所采取的立法体例，往往是在
宪法中对土地征收补偿的原则规定基本的条款，然后在单行法律中以土地征收补偿原则为基础，分别规定具体的标准。我国虽然在2004年的
宪法修改中明确了补偿条款，但是对补偿的原则却没有明确，征地补偿原则缺乏
宪法基础。
第二、补偿标准极不合理。我国《
土地管理法》规定的征收土地补偿费、劳动力安置补助费都是按照被征收土地前三年的平均年产值计算的，其补偿标准计算的基准是农地的年产值，很不科学。年产值是农作物产量与价格的函数，其高低受所处地区的农业生产自然条件如光、温、水、土和社会经济条件如农产品价格、耕作制度、产业结构调整的影响，而与被征地的区位等地价因素无关。事实上土地补偿费的确定很大程度上与被征地所处的区位、区域经济发展状况及区域基础设施条件等紧密相关，而与土地年产值的关联性并不明显。这种法定的征地补偿标准存在三个问题。一是法定的征地补偿标准游离于土地市场价格之外。按照经济学原理，产品价格要受到市场供求的影响，在需求不变情况下，供给增加引起价格下降，供给减少引起价格上涨；在供给不变情况下，需求增加引起价格上涨，需求减少引起价格下降。但目前我国的征地价格对市场的供求变化却反应呆滞，一方面国家对农地的供给是有严格计划的，从理论上讲农地势必会处于一种供不应求的状态，另一方面城市化进程对农村土地需求量日益增大又是客观存在的事实，但是由于我国征地是套用国家法律规定的内容和标准来确定土地补偿额，致使征地补偿额度的计算始终游离于土地市场价格之外。二是法定的征地补偿标准较土地实际产出价值而言往往失真。在计算补偿费和补助费时，基本是按传统的粮经作物比测定前三年的农业产值，没有或较少顾及到现在的城郊农村，农业己经不是传统意义上的农业，而集生态农业、精品农业和休闲观光农业等为一体的现代都市型农业，土地的产出己完全不是普通的粮食或蔬菜价值可比的。因此，这样形成的土地补偿额当然不能反映被占耕地本身的实际产出价值，往往偏低。三是法定的征地补偿标准无法解决土地增值分配的不合理问题。目前我国土地征收补偿标准采用法定补偿标准，由《
土地管理法》第
四十七条具体规定，其中有些补偿标准只有最高限的限制，如“每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍”、“土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍”，即使有些有法定最低标准的限制，政府的自由裁决权也比较大，如“征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍”、“征收其他土地补偿费和安里补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置费的标准规定”，较大的自由浮动幅度和“参照”赋予了政府极大的自由裁决权。由于政府作为利益参与方分享土地征收的利益，被征收方又极少参与征收过程，导致很多地方政府常常按照法定最低标准给予补偿甚至连法定的最低标准也达不到，在自由裁决的权限内，出现显失公平的不合理现象更是常见。实践中政府往往以支付较低的补偿费为对价获得土地，再以很高的土地使用权出让金转入市场，由此所形成的增值是巨大的。但是失地的集体组织和农民却不能从增值中获利。法定的征地补偿远远不足以解决被征地农民的长远生计。另外，征地补偿范围没有覆盖土地上的他项权利如承包经营权等的补偿。农民集体土地转为建设用地的过程，应当是农民分享城市化和工业化成果的过程，应当有利于缩小城乡差距而不是扩大城乡差距，因此，应该考虑在对失地农民的征地补偿中解决土地增值分配不合理的问题。
第三、补偿收益主体不明确，补偿截留现象严重。这个问题可以说是导致实务中许多补偿纠纷发生的根本原因。收益主体不明确主要是源于我国在立法上对农村土地权属界定不清。我国的《
宪法》、《
民法通则》、《
土地管理法》以及《
农业法》等重要法律都明确规定，中国农村的土地归农村集体成员共同所有，但到底谁是“集体”，相关立法却没有明确指出。1978年以前，我国农村土地所有权模式可以概括为“三级所有，队为基础”，即“人民公社、管理大队、生产队所有，但其中生产队占有的量占到95%以上，占有压倒性的地位。十一届三中全会以后我国实行了农村经济体制改革，人民公社变成了单纯的行政建制——乡，管理大队变为了农民的自治组织——村，生产队变成了村的组织成分——村民小组。法律在设定土地权属时，兼顾了这三者的地位。《
土地管理法》第
10条规定：“农村集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；己经属于乡(镇)农村集体所有的，由乡(镇)集体经济组织经营、管理。”然而，现行的立法模式并没有为“集体”作出严格界定，对所有权主体多级性和不确定性的规定，反而造成了集体土地所有权主体的虚位，导致了集体土地人人所有，却人人无权。因为农村实行家庭承包经营为基础，统分结合双层经营体制以后，农村集体经济组织大多解散，原来属于乡（镇）、村集体经济组织所有的土地已经分给各村内小组的农户承包经营，而且当初分地的时候土地权属登记手续大多不健全，在土地未被征收时这种潜在的权属不清问题一般不太引人注意，但是当面临补偿金的时候，潜在的问题就充分暴露出来，三个主体都争抢土地补偿金，即使属于村内小组所有的土地被征收后，乡(镇)、村克扣、截留补偿金的不正常现象大量存在，补偿金落实到真正土地权利人手中的所剩无几。
