然而，关于对《公约》秘书处的财政支助应来源于自愿基金还是教科文组织的正常预算（第32条第3段），在起草的过程中分歧较大。一些代表担心教科文组织用于监督《公约》实施情况的费用需挪用本组织其他工作领域的资金，因此要求该秘书处全部使用自愿基金的资金。其他代表则认为，如果全部依靠自愿捐款来保证《公约》的实施，会带来不确定因素和缺乏前瞻性，而且《公约》的落实和执行应该具有同任何其他教科文组织公约一样的支持。为缔约国大会秘书处提供财政支助的问题，应由教科文组织大会在有关本组织总预算的讨论过程中审议《公约》时予以解决。
如果缔约国大会秘书处只能依靠自愿基金，那么资金就没有任何保障。在这种情况下，总干事将无法完成为缔约国大会提供秘书处的要求。总干事认为，制定《公约》却不能为其秘书处提供资助保障（如由正常预算提供资金），将会极大地削弱《公约》的宗旨。一项《反对在体育运动中使用兴奋剂国际公约》之所以被视为必不可少，首先是基于下述事实：各国政府和体育运动界必须同心协力与使用兴奋剂现象作斗争，如果不相互配合和合作，任何部门都不能取得成功；体育运动界近几年来采取了强有力的行动，特别是世界反兴奋剂机构通过了《世界
反兴奋剂条例》；体育运动界现期望各国政府通过一项《公约》以发挥其作用。毫无疑问，体育运动界将把一项没有秘书处的《公约》视为失败。这种情况会对整个反兴奋剂运动以及各国政府和体育运动界多年来在反对使用兴奋剂方面作出的巨大努力构成威胁。此外，如果教科文组织通过的一项公约仅靠来源于自愿捐助的资金来管理，会开一个非常危险的先例。它会有损于教科文组织作为多边独立机构的形象，因为这种机构应能够不依靠捐助者的捐款而履行其制订准则的职能。[10]
对于第43条规定的“保留意见”，《公约》初稿规定：“1989年11月16日的《反兴奋剂公约》缔约国均可声明，或在交存其批准书、接受书、赞同书（或加入书）时声明，在履行本公约时有可能不受本公约第III和第IV部分规定的约束。”这样规定的最初目的是考虑到欧洲理事会《反兴奋剂公约》的缔约国在签署公约的时候更加简单一些，因为公约初稿中的许多条款可能会与欧洲理事会《反兴奋剂公约》的规定相同或者类似。不过，随着讨论的深入以及最终草案的形成，现行公约草案的内容与欧洲理事会《反兴奋剂公约》的规定有很大的差别，因此关于“保留意见”的规定也修改为如下条款，即“对与本公约的目标和宗旨不相符的保留意见，不得予以认可。”[11]
