（二）金融税制不统一，存在不合理的差别待遇
1、内外两套税制，违背国民待遇原则。从商品税制来看，内资金融企业除了缴纳营业税外，还要缴纳城市维护建设税和教育费附加，而外资金融企业则可免除后者。从企业所得税来看，内外资金融企业分别实行两套所得税制，它们在税收优惠、税前扣除等方面存在很大差别。例如，对符合规定条件的外资银行第一年免征企业所得税，第二、三年减按7.5％的税率征收企业所得税，以后年度均按15％征收企业所得税，而中资银行企业所得税税率一般为33％。因此，内资金融企业无论是在税种和税负上，都比外资金融企业要多和重。
2、税制不规范，存在不合理的差别待遇。表现在：（1）投资收益的征税规定不同，税负不公平。例如，企业转让股票取得的所得征收所得税，个人转让股票取得的所得暂不征税；个人取得的储蓄存款利息征税，个人取得的国债和金融债券利息免税；中国人从企业取得股息、红利所得征收所得税，外国人从外商投资企业取得的股息、红利所得免征所得税。这种不规范和差别待遇，导致税制的复杂化和不公平，扭曲投资流向，影响资本配置效率。（2）呆账准备的计提规定不符合国际惯例。国际上通行的做法是要求银行按照五级贷款分类提取呆账准备，并允许在所得税前列支。而按照我国税法的规定，内资银行按照提取呆账准备资产期末余额1％计提的呆账准备可以在所得税前扣除，外资银行可以逐年按照年末放款余额计提不超过3％的坏账准备在所得税前扣除。这些规定不但低于中国人民银行规定的计提比率，也不符合国际惯例和公平税负的原则。（3）证券营业税制不规范。金融机构在我国境内从事证券发行和交易缴纳营业税，非金融机构和个人买卖有价证券或期货不征收营业税；国有银行的外汇转贷业务下级行以其向借款方收取的全部利息收入为营业额，非国有银行的外汇转贷业务下级行以其向借款方收取的全部利息收入减去上级行核实的借款利息支出额以后的余额为营业额。（4）证券印花税制不规范。目前只对股票中的A股、B股在二级市场的交易行为征收印花税，对一级市场及场外交易未予课税，也未对公司债券、投资基金及国债回购的交易征收印花税。（5）金融资产处置税制存在差异。目前我国采取的是对特定企业、特定业务给予特定优惠的特惠制，即只对中国华融、长城、东方、信达等四家资产管理公司按照规定接受、处置有关国有银行不良资产的业务给予一定的税收优惠，[6]其他企业和个人则不能享受同样的优惠，上述四家资产管理公司接受、处置其他资产也不能享受同样的优惠，形成差别税收待遇。（6）预提税规定不符合国际惯例。我国按照权责发生制的原则征收预提税，而世界上许多国家的预提税实行按照实际汇款额计征的收付实现制原则。
（三）金融税制覆盖面偏窄，一些金融活动缺乏税法调整
目前，我国对一些金融业务或收益并没有纳入征税范围，有些课税规定也欠公平，金融税制不能适应金融创新发展的步伐，存在很多税法空白。
（1）证券课税的覆盖面非常有限。我国对于一级市场的投资行为，二级市场的资本利得[7]、场外交易、证券的继承和赠与，特别是作为证券市场重要组成部分的债券市场和期货市场基本未涉及。（2）对金融衍生工具是否征税尚未明确。目前在我国运作的金融衍生工具主要有期货、期权、远期利率协议、利率掉期等，但我国对其征税规定仅限于期货和股票期权，对其他金融衍生工具是否征税还没有规定。例如，对投资联结保险这一新险种的分红收益，还未纳入个人所得税的征税范围；金融租赁公司实际具有投资性质的融资租赁业务，不能享受正常投资有关的税收优惠（如投资抵免）。（3）金融机构之间的往来收入不征营业税，导致部分银行资金运用效率低下。[8]（4）金融信托税制基本空白。2001年
信托法通过后，我国的信托制度正式建立，业务也已经有了一定发展，但有关信托的税收规定几近空白，只是对证券投资基金这种特殊信托基金的税收问题作了一些简单的规定。[9]
