第二、民法学的研究方法具有一定的层次或者说其方法有系统性。系统论（System Theory）最初来源于工程技术领域，主要观点是将事物作为各要素有机联系的整体，通过对系统的内部结构、机制及外部联系的分析，找出系统运行的最佳方案。我们在寻求和运用民法学的方法时时可以将民法学方法论作为一个由不同层次建立起来的一个方法论系统，一方面使民法学方法论形成于自我充实的体系，符合大陆法系概念法学的模式，又能够加深我们对认识论的了解，便于批判和发展。
（二） 民法学方法论的本体论
1．民法学的基础方法与一般方法
（1）归纳/演绎
归纳和演绎是两种基本的推理形式，也是社会科学推导的基本方法。归纳是“从个别到一般的过程” 而演绎则反之，因此归纳方法中前提和结论之间有或然的联系，而演绎中前提和结论之间则是必然的联系。比较典型的归纳方法的运用是恩格斯根据对几个民族起源的考察得出人类起源的一般规律。 又例如王利明教授在论述侵权行为独立成编必要性时，认为在侵害人格权的情况下，损害赔偿的方法不能替代侵害人格权的其他的责任形式。他论述到：
我认为，在侵害人格权的情况下，即使强调损害赔偿的作用，此种方法也不能替代侵害人格权的其他的责任形式。具体来说： 第一，损害赔偿不能代替恢复名誉的补救方式。…… 第二，损害赔偿不能代替停止侵害的责任形式。…… 第三，损害赔偿不能代替赔礼道歉的责任形式。……
通过这几个方面论述归纳出损害赔偿方法的局限性，从而得出“为了对侵权行为的受害人提供充分补救，需要侵权行为法独立成编”的分论点。演绎法则是更为典型的推理方式，它常常和三段论等联系在一起，例如马俊驹教授通过演绎法讨论国家民事主体地位问题，该文的内容提要如下：
特定功能的实现是法律赋予某类社会存在民事主体地位的重要依据之一。如果特定的社会功能通过民事法律关系更能有效地实现，则法律就应该赋予该类社会关系的主体民事主体地位。国家因为其特定的功能而成为民事主体。作为民事主体的国家，可以在物权、债权以及国家赔偿方面有效地发挥其功能。
该文的就是典型的演绎推理，即“特定功能的实现是法律赋予某类社会存在民事主体地位的重要依据之一”是大前提，国家有的功能是小前提，最后推出国家可以作为民事主体的结论，在这种论证中，只要前提是普适性的，是正确的，那么结论就是必然的正确。
（2）比较分析/历史分析的方法
比较的方法是指通过对法律体系、制度、结构和概念等因素在不同法系之可比阶段的发展、范围和应用进行比较来考察法律现象。民法学的比较分析可以通过在几种不同的法律制度之间进行对比研究，辨别其优劣与异同，发现法律的共通性，借以阐明法律的本质，吸收先进的民事法律制度。
例如吴汉东教授通过对各国知识产权法的立法比较得出我国知识产权制度宜在民法典中作原则规定,但同时保留民事特别法的立法建议：
……笔者对上述观点持有疑虑，现试就几个“范式”立法例作出具体分析：
意大利民法典。1942年意大利民法典在大陆体系的法典化历史中占有重要地位，它不仅成为其他欧洲大陆国家的一种参照系，而且对秘鲁1984年民法典及其他美洲国家的民法典的改革方案产生了影响。……
荷兰民法典。荷兰是新民法典编纂运动的杰出代表。早期荷兰的私法体系基本上是法国法的翻版，自19世纪末开始受到德国法的影响，至20世纪在糅合“法学阶梯体系”与“潘得克吞体系”的基础上形成了具有独特风格的荷兰民法典结构。
俄罗斯民法典。1922年苏俄民法典有关财产权各编分别是所有权、债权、继承权，没有涉及知识产权。
越南民法典。1995年越南民法典是后社会主义国家民法典编纂运动的产物，其体系结构在相当程度上受到1991年的苏联民事立法纲要和1994年俄罗斯民法典的影响。……
历史的方法是通过考察民法学说的起源与发展变化来发现其精神和基本原则，它19世纪随着德国历史法学派的兴起而出现。历史法学派认为，法律像语言、风俗、政治一样，具有民族特性，是“民族精神”的体现，是由历史传统形成的；法律随着历史的发展而自发地产生和发展，法律的渊源首先是习惯而不是立法；所以法学家应当历史地研究法律，探讨法律的发展动力，强调法律与社会环境和社会历史的关系，试图从塑造着“民族精神”或法律的“观念”的社会历史、社会变迁和社会环境中找到法的“真谛” 。
例如徐国栋教授通过对我国学者继受“人身关系”理论的历史分析得出我们现在误解了人身关系的真实内容：
……我又对人身关系在我国民法史中的存在形态进行了研究，……
人身关系（用了“人身非财产关系”的表达）在前苏联……。50年代，我国完全继受了苏联的这种人身关系理论。80年代后，……
民法通则颁布后，与立法上的确立人格权和回收亲属法相对应，我国民法学界开启了把人身关系分解为人格关系和身份关系的趋向。……通过90年代广泛译介西方直接间接关于人身关系的著作，我国已有少数学者知晓了大陆法系传统中人格关系的真正含义，并正在为消除我国多数学者对人身关系理论描述与民法体系的实际内容的不一致而努力。
（3）价值分析方法
又称之为哲理的分析方法。这是法学史上最为古老而持续时间又最长的法学研究方法。它主要考察法律制度及其学说的哲学、道德基础和基本原则，并根据自身所确立的理想和目标来评价法律。这种方法的主要特点是从一定的价值判断出发，着重研究应然之法律，各种自然法学派、哲理学派和社会哲理学派就是运用这种方法进行法学研究的典型。一般来说，它们都是先设定一个主观的、抽象的概念，在民法学领域一般会围绕理性、平等、意思自治、诚信、正义等，作为评判实在法律规范的理想标准，由此展开其关于应然的“理想法”或“正义法”的抽象的理论探讨。
例如梁慧星教授通过对民法正义理念变迁的描述，从而论证情事变更等具体制度的意义：
