本文认为，特别保障措施是对自由和公平贸易原则的扭曲，对我国影响重大，就影响的层面而言，应当包括宏观与微观两个方面。前者表现为对国家的宏观贸易政策和贸易制度的影响，后者则表现为对我国的产业发展与企业运营方面。
（一） 积极影响
基于前文的论述，本文不赞成把特别保障措施条款描绘成现代的不平等条约，从某种意义上讲，还是“一个积极的条款”， 其积极方面至少表现在三个方面。
1．促进我国改革贸易体制，调整贸易政策。经过二十多年的改革开放，我国已经初步建立了市场经济体制，对外贸易在国民经济中占有十分重要的地位。但是，我国经济的外贸依存度也大幅提高，到2003年已达到60.3%, [6](P2) 这就孕育了一定的风险，任何国际经济波动都会影响我国的经济稳定。长期以来，我国实行出口导向的经济政策，片面强调外贸对经济的拉动作用和增加外汇储备，致使不少企业为获取出口退税，竞相压低出口价格，出口求量不重质，出口效益低下。特别保障措施条款在一定程度上起到警示作用。国家在2004年底调整部分产品的出口退税率就是一个贸易政策调整的强烈信号，新《
对外贸易法》的实施也预示贸易体制改革已经开始。
2．促使我国加快产业结构调整的步伐。我国经济正处于结构调整时期，产业升级的外在需求和博取短期贸易利益的内在冲动在较长时间内广泛存在，而且不断表现出剧烈的冲突和尖锐的矛盾。事实上，改革开放进程中体现出来的结构性矛盾和各种利益冲突已经在一定程度上削弱了改革开放的内在动力。加入WTO无疑为解决这一矛盾提供了推动改革开放的外力。对于产业结构调整而言，由于存在其它WTO成员对我国实施包括特别保障措施在内的贸易救济措施的可能性，我国政府和企业存在一定的压力，有利于形成加快产业结构调整的主动性和推动力。
3．促使企业加速技术改造，提升产品的技术含量。长期以来，我国出口产品偏重依靠劳动力成本优势，技术含量少，附加值低，出口竞争力差，价格战成为企业惯用的出口竞争策略，这使我国不断受到反倾销指控。随着WTO后过渡期的来临，纺织品配额自2005年1月1日取消，不少企业甚至一些学者开始盲目乐观，这不能不引起警惕，因为美国等国已经有利益集团开始游说政府对中国的纺织品配额重新设限。因此，在这个意义上，特别保障措施条款的存在会不断警示我国政府和企业，企业也应该利用这一契机革新技术，提高出口产品附加值和技术含量，提高出口效益。
（二） 消极影响
