《
中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》（1995）第
60条规定，“省、自治区、直辖市的人民政府可以根据法律、行政法规和本省、自治区、直辖市的地方性法规，制定规章”。
上文提及的安徽省建设厅、建设部在安徽省高院给皖北矿务局发函之后的激烈抵触，已为明证。即便是在安徽省高院作出正式的裁定文书之后，依然没有平息纷争。例如，安徽省阜阳市水利局于同年12月22日向各县、市（区）水利局、市直有关单位、城区各取水户发出《关于依法加强水资源统一管理的通知》（阜水政391号文），强调要“按照水法规的有关规定和省高院裁定书的精神，……积极支持水行政主管部门……做好取水许可工作和征收水资源费工作”。而阜阳市节约用水办公室和水资源管理处随后于1998年1月3日又联名向建设部递交了《关于安徽省阜阳市城市地下水资源管理有关问题的情况反映》，指出“阜阳市水利局以此为依据，转发了省高院的裁定书，并借此强调实行水资源统一管理，给我市的城市水资源工作造成了严重混乱。”
关于人民代表大会立法受到政府及其部门影响的论述，参见蔡定剑：“20年人大立法的发展及历史性转变”，载蔡定剑、王晨光主编：《人民代表大会二十年发展与改革》，中国检察出版社2001年版，第71-72页。国务院或地方政府立法或决策可能受到部门掣肘，也在安徽省水资源费征收案中有所反映。前注24援引的《
国务院办公厅关于征收水资源费有关问题的通知》指出，“水资源费征收和使用办法已经列入国务院的立法工作计划，水利部和建设部应当抓紧起草，尽快报国务院审批。”安徽省人民政府法制局《关于〈安徽省城市节约用水管理办法〉有关情况的说明》道出，“城市地下水资源费的征收与管理体制问题，是建设厅、水利厅两部门对本《办法》存在的主要分歧意见。我局在进行多次协调未果后报请诸宗智副秘书长协调，后经省政府常务会议审议，确定城市地下水资源费的征收与管理体制仍按皖政24号文件的规定执行。”
2003年6月20日，国务院颁布《
城市生活无着的流浪乞讨人员救助管理办法》（8月1日起施行），同时废止1982年开始实施的《
城市流浪乞讨人员收容遣送办法》。
参见，“郑州馒头大战纪实”，载“湖北省中小学教师继续教育网”，；“接受舆论批评，规范政府职能”，载“法制日报网”，。2005年4月3日最后访问。
当前在行政组织领域发生的许多故事昭示出，但凡有兴趣并有机会参与组织问题的讨论与决策的主体，都程度不同地基于自利的考虑。例如，在安徽省水资源费征收案和郑州市“馒头办”的事例中，建设部门和水利部门、市和区馒头办之间的利益争夺，反映出“块块”与“条条”在职权分工问题上，都有各自的利益驱动。不同机关或部门会极力为本机关或部门的利益，设计行政组织或提供行政组织的设计方案。这也印证了公共选择理论关于公共的或集体的选择同样会追求自我效用最大化而并不一定是要寻觅公共利益的假设。参见布坎南、塔洛克：《同意的计算》，陈光金译，中国社会科学出版社2000年版，第17-33页。
郑州市两级“馒头办”的职权相争，主要是“自利”的因素在作祟。但是，在成立“馒头办”的问题上，郑州市政府对外宣称的理由是要消除不卫生的馒头小作坊；在制定《郑州市馒头生产销售管理暂行办法》时，目的明确是“为加强馒头生产和销售管理，促进馒头生产的机械化、规模化，保障人民身体健康，方便人民生活”。没有直接的证据表明，郑州市政府在考虑是否对馒头生产、销售进行专门管理、是否成立“馒头办”的时候，完全出于自利的动机。市场中出现的“失灵”现象，似乎是郑州市政府初始决策时非常重要的一个考量因素，尽管这种考量所导致的“馒头办”管理体制并不具有实质的合法性（可接受性）。
历时20多年的收容遣送机构及其职能的合法性，之所以在当今受到普遍质疑，除了收容遣送制度运作中出现的许多黑暗问题之外，也与愈来愈频繁的人口流动、人权保护意识日盛等社会变迁有关。
中央和地方的事权划分，也是行政组织法治主义者相当关切的问题。而这个问题又与分税制改革有着紧密的联系。1994年分税制改革，曾被认为发挥了中央和地方两个积极性。参见朱光磊：《当代中国政府过程》，天津人民出版社1997年版，第169-170页。但是，分税制实际上使得“地方税收收入占地方财政收入的比重呈下降态势，行政性收费、罚没收入和其他非税收入成为拉动财政收入增长的主体”；“分税制以后中央和地方之间的职能划分并没有真正做到明晰、合理，地方政府事实上承担着许多本该中央政府承担的职能”；“中国财政体制虽经过多次改革与调整而不断完善，但始终没有根本解决好各级政府之间事权划分以及完善的政府间转移支付等问题”。参见陈锡文、韩俊：“五大因素导致县乡财政危机”，载“国务院发展研究中心信息网”，]，2005年3月26日最后访问。
