孙文在与袁世凯见过面后一段时间，曾真心诚意推崇袁氏，主张同盟会为袁世凯的强势政府让路。他和黄兴都宣布退出政治舞台，转而经营实业。并对宋教仁的政党活动多有批评。这一思想与孙文当年坚持总统制的初衷是一致的。即信奉领袖人物的乾纲独断。这种根深蒂固的集权思想从他组织秘密会社开始，直到晚年建立列宁主义式的独裁党治，可以说是根深蒂固。到1923年的国民党党章，取消了领袖的选举制，直接任命孙文为党的领袖，并规定其享有“对全国代表大会和中央执行委员会任何决议的否决权”。孙文再也不必担心他的意志会像当年定都南京的提议那样被代议机构否决了。经过此起彼伏的革命运动，革命领袖的“天子继承人”的身份，不是被淡化，而是被强化。结果中国的宪政化，在革命之后不断倒退。对国家最高权力的制约程度，到此为止，反而远远落在清室1906年立宪诏书的水准之下。
在春秋大一统的集权思路之下，地方势力在历史上被称为“割据”。而辛亥年间所面临的一个可能性，就是持续了较长时期的地方自治局面，如果能够在民主共和的现代政体中，找到新的存在和整合的理由（如联邦体制和20年代的联省自治运动），就可能最终有助于打破中国两千年的大一统的中央集权主义。在两千年帝制的灰飞烟灭之后，再一次推动两千年中央集权体制的灰飞烟灭。做到这一点，才能说终于不再行“两千年之秦制”了。
但在这一方面，袁世凯和孙文也表现出了惊人的相似。袁成为“天子的继承人”后，和内阁之间发生冲突。袁世凯最终取得胜利解散内阁、甚至以后解散国会，并在天坛
宪法草案中把内阁制改回为总统制，这些举动在当时都得到了舆论和民众的支持和默许。接下来袁世凯一改当年推进地方自治的态度，开始循着中央集权的传统思路进行地方改制。而孙文在二次革命之后，在南方与陈炯明之间的冲突，其实质也是孙文的中央集权思想和武力统一全国的主张，和陈炯明主张联省自治、反对武力统一的英美式道路之间的尖锐矛盾。
尽管孙文早年受英美思想影响较大。但孙文的“两千年之秦制”的春秋大一统思想，是深入骨髓的。他对英美民主宪政的理解远远不及宋教仁、章太炎乃至陈炯明等人。如前述，在秘密会社的革命运动中，那种专制主义和乾纲独断的组织手段成为革命运动中不可或缺的资源。专制手段与民主目的之间的那条鸿沟，在革命屡受挫折之后，孙文已经彻底意识到了。于是他改弦更张，从英美式的立宪主义蓝图走向苏俄式的独裁党治，决心凭自己的先知先觉对大众进行无期限的“训政”。从孙文、袁世凯到以后滚滚诸公，辛亥之后一百年间，超越了秦制思路的政治家，一是坚持政党政治和内阁制的宋教仁，二是坚持省内民主改革和联省自治道路的陈炯明。除此之外，几乎再无他人了。
政党政治与党治国家
革命胜利，袁世凯就任临时大总统后，同盟会应该何去何从？革命者的下一个身份又是什么？孙文、黄兴等人对此没有认识。孙文一度对袁世凯充满信心，甘愿让路。决心以在野身份从事实业建设，从事修筑全国铁路的工作。但他对经济重要性的认识，主要出自于国家昌盛的民族主义目标。并非意识到经济和民间社会的成长之于民主政治的关系。而他的另一个想法，则是主动从事一个较不重要的工作，好把政治舞台让给袁项城一个人去表演。这一点可能在道义上为后人称道。但孙文不是在作一个道德决策，而是在作一个政治决策。这个抉择是与他对不受制衡的强权的崇尚相一致的。
作为当时最重要的一支现实政治力量的领导人，一个在野党的党魁。不在宪政框架设立之后去推动和稳固其发展，不在政府之外形成最重要的批评与监督的力量，不去从事政党政治的建设。反而舍本逐末，去搞铁路建设。这恰恰是孙文在辛亥之后一个巨大的错误。也反映出他留美多年，对于民主政治的理解却实在过分肤浅。以革命党人半壁江山的实力，倘若同盟会在孙文领导下成为第一大反对党，积极推动政党政治和责任内阁制，致力于消解君权的道统。那么民初的议会政治和宪政实践的高峰就不会随着宋教仁的遇刺而终止。更不会从一个极端走到另一个极端，轻易放弃宪政框架，从此陷入习惯性的革命癫痫。孙文有这样的实力，却自愿放弃将袁世凯拉入宪政体制的努力。不但如此，反而还对宋教仁的努力多加指责。批评他没有把思想认识统一到袁核心的三个代表上来。
另一方面，对同盟会在国家政治中的作用与地位，孙文和宋教仁的看法又一次恰好相反。宋教仁主张同盟会应从秘密状态转为公开状态，成为公开的谋求组阁的政党，在
宪法的框架内从事议会竞选活动。事实上从同盟会到国民党的整个改组工作也是由宋教仁一手主持的。宋教仁的目的就是要把同盟会从“革命党”变成“执政党”，体现出他对于宪政框架的尊重和信心。但孙文却坚决反对改组，他希望同盟会依然在他手中，成为一个随时可以东山再起的革命团体。换句话说，他希望同盟会超越在宪政体制之上。孙文对袁世凯也不是全无戒心的，但区别在于，宋教仁的解决方法是通过政党政治的竞争去防止袁世凯的蜕变，这是一种立宪主义的道路。孙文的方法则是在自己手中保留暴力手段，在袁世凯有道时主动选择退出政治舞台，在袁世凯无道时则随时准备拔枪。这种思想正是中国历史上反复治乱的根源，是反宪政主义的暴力革命道路。所以在宋教仁一旦遇刺，孙文便从一个极端滑向另一个极端，从此走上以“革命”的独裁去对付“反革命”的独裁之路。1928年国民党完成北伐，费正清评论说，“自1928年起至今日，中国的政府便一直受着这个或那个列宁主义式的政党监督”。没有孙文当初的选择，就没有共产党变本加厉的崛起。
