激进的共和党人通过了一系列被称作重建法案[9]的法律，它们把以前脱离联邦的南方各州划分为几个军事管理区，在那里军事长官控制着州的立法权。传统的陪审团审判方式被军事委员会审判取代，它列出了一长串威胁南方重建行为的单子作为审判时的参考。许多观察家都认为重建法案里存在着许多严重的
宪法缺陷。
1867年，一个位于南部的密西西比州的报纸编辑，威廉·麦克卡迪，以他的出版物为手段，谴责南方重建以及控制和管理南方的军事官员。毫无疑问，他的那些辱骂性的文章使他陷入了与军方的对立。麦克卡迪被逮捕了并以好几个罪名被起诉，包括煽动叛乱、印刷含有诽谤言论的报纸等，他被带到军事法庭受审。麦克卡迪向位于密西西比州的联邦巡回法院申请人身保护令状，声称对他的逮捕和拘留违反了美国宪法与法律。
巡回法院拒绝了他的请求。按照当时的法律，他有权就权利问题上诉到美国联邦最高法院，他随即就这么做了。大量的流言宣称最高法院会借着麦克卡迪案宣布重建法案违宪，事实上，有证据表明当时的最高法院也的确希望这种结果的发生。然而，在1868年的3月初，也就是麦克卡迪案正在辩论与即将宣判的时候，国会迅速地废除了授予最高法院对该案具有管辖权的立法。国会的废除议案在1868年3月27日成为法律。虽然麦克卡迪案经法院讨论本应在六天前的3月21日作出判决，但最高法院考虑到那个未决的废除议案，决定延期宣判。到了4月6日，法院没有发布任何意见但同时下令麦克卡迪案在下一个开庭期审理。
为了试图强迫法院就范，麦克卡迪的律师要求法院就本案中废除法案[10]的有效性展开辩论，法院同意了这一请求。当法院最后于1869年4月宣判的时候，全体一致的意见认为废除法案有效并以没有管辖权为由裁定不予受理。在首席大法官塞拉蒙·齐斯[11]（与塞缪尔·齐斯没有任何关系）的法庭意见中，法院认为
宪法的第三章授予国会对最高法院的上诉管辖权做出例外规定的权力，法院无权探寻国会的立法动机。
显然，在遭遇到强大的重建国会时，法院当时的声望并不是很好。毫无疑问，麦克卡迪案本来会以相反的方式裁定，但是鉴于当时的实际情况，为了有朝一日能够东山再起，法院当时的意见可能是想象中最好的解决办法。
从1805年塞缪尔·齐斯被宣告无罪到1869年麦克卡迪案的判决，历史走过了60多年漫长的旅程；自那以后，又经过了70多年的风风雨雨，最高法院的独立性又一次也是第三次在美国的历史上受到挑战。这次的挑战来自总统。1937年富兰克林·德拉诺·罗斯福开始了他在白宫的第二个总统任期，在1936年他以压倒性的多数赢得了大选，他获得了除两个州外的所有选票。最高法院并没有在总统选举中成为热点，当它还是逃脱不了富兰克林·罗斯福的注意，因为在他的第一个任期内，法院判决了一些相关的案件。事实上，在罗斯福的第一个任期内，最高法院相继宣布《全国工业复兴法》、《农业调整法》、《限制采油法》违宪，这些法律代表了在罗斯福新政中使国家摆脱大萧条的核心内容。另外，在一些次要的案件中，最高法院也作出了不利于政府的判决。
