1803年3月，众议院弹劾了皮克林，一年之后，参议院投票认为他有罪并撤销了他的职务。参议院的投票并没有就司法独立展开激烈的辩论，并且在投票中显示了清楚了党派之争，所有的共和党人都认为他“有罪”，而所有的联邦党人都投“无罪”票。在参议院投票确认皮克林罪行的当天，众议院又将矛头指向了联邦最高法院法官塞缪尔·齐斯。第二个弹劾程序预示着一个可怕的后果。齐斯是六位[6]联邦最高法院法官之一，一名由乔治·华盛顿总统在1796年任命的联邦党人。如果齐斯像皮克林那样依据党派之分而被参议院撤换，那么联邦的司法部门，尤其是美国联邦最高法院，将会沦为联邦政府三个分支中的弱小地位，更没有任何独立性可言。
作为一名马里兰州的年轻律师和政客，齐斯曾在其反对新的联邦
宪法批准中树立了反联邦主义的形象。然而，当他被任命到最高法院以后，他成了一个坚定的联邦党人。他在1800年负责主持了两起富有争议的审判。当杰斐逊在1803年5月听说塞缪尔·齐斯在巴尔的摩的一个审判中向大陪审团公然抨击共和党的某些政策时，他随即写信给约瑟夫·尼古拉森，他是众议院的共和党领导人之一：“
“这种煽动与我们
宪法原则中的政府行为（相抵触），在一个国家的成长过程中，这种行为难道可以放任吗？对你来说，公众是否应该寻求合适的措施来应对？我提出这些问题供你考虑，对于我本人，则最好不要卷入。”
众议院首先调查对齐斯可能的指控，接着就开始投票弹劾。弹劾案中不仅包括他在巴尔的摩的大陪审团中的审判，并且指控他在1800年主持审判费城的约翰·福赖斯一案和里士满的詹姆斯·卡林达一案中涉嫌巨大不公。
约翰·福赖斯是一起被称作“福赖斯暴动”的起义领导者。宾夕法尼亚的西北部农民起义抗议联邦税的估税员并且阻止他们履行公务。在今天，福赖斯可能会因为防碍司法而被起诉，但在那个时期他的罪名是叛国罪。齐斯审判了他，并判处他绞刑。约翰·亚当斯不顾内阁所有成员的反对，借用他的巨大声望，赦免了福赖斯。
在里士满的詹姆斯·卡林达因为恶毒的《1798年煽动叛乱法》而被起诉，那个法案的目的是打击政治上的反对派。卡林达是一个受过良好教育的苏格兰人，一个臭名昭著的作家，一个酗酒之徒，他因为出版一本名为《我们面前的希望》的书而被起诉，据说在这本书中，他使亚当斯总统变得声名狼藉，他指责总统是个君主主义者和英国亲信。卡林达因为诽谤罪被处以200美元的罚款和在里士满监狱9个月的监禁。后来，卡林达死于非命——并不是因为他的书，而是因过渡饮酒后在河中洗澡被溺死。
