这种失衡是我国当前制度和观念本身的原因所造成的，主要有两点：一是大学实体性地位的缺失。我国《
高等教育法》第
30条规定了高等学校的法人资格，并规定了校长为法定代表人；而第
39条规定高等学校实行党委领导下的校长负责制。在我国高等学校中，普遍存在着党委的领导权和校长行政权的不分，国家法律法规的执行权和学校自身的自主权不分，导致学校以外的权力意志通过自治权内在结构中占主导地位的行政管理权进入学术领域，产生一种传动作用，从而损害学术自由。[30]二是大学自我目标的迷失。在中国共产党的十一届四中全会以后，明确提出了建立社会主义市场经济的目标，市场机制也开始被引入教育体制的改革。这一改革极大地推动了高等学校的发展，但同时也使有些大学自我目标迷失。在自治权的内在结构中体现为其中的行政管理权的行使往往以经济效益为自我目标，而不是学术自由。比如大幅度地扩大招生，特别是扩大热门专业自费生的招生名额，进而可能影响了学科的设置和发展，这些都是基于经济目标对行政管理权的错误行使。再如北京大学在深圳办研究生院的问题，这属于学校自主权的范围，适应了社会的紧急需要，但对实现其自我目标的作用并不明显。
（二）
教育法治：大学自治权内在结构均衡化的推动力
改革开放以来，伴随着整体法制建设的发展，我国已经初步形成了一个相对独立的教育法律体系。但是，对于大学自治权的内在结构的调整却基本上属于空白，这一点是由于大学自治权内在结构自身特有的不稳定性所决定的。然而，这并不意味着
教育法治对于大学自治权内在结构的均衡化过程中无所作为。恰恰相反，在法治快速发展的今日中国，
教育法治应当是推动其内在结构均衡化的主要力量。也就是说，可以通过完善教育法制和促进学校内部管理的法治化，来构建学术自由权主体和行政管理权主体的公平博弈机制，促进其内在结构的逐步均衡化。具体而言，它可以在以下几个方面有所为：
第一，致力于实现博弈双方主体地位的平等。我国大陆的《
教育法》和《
高等教育法》关于自治权的主体规定为“学校”和“高等学校”，而《
高等教育法》又规定学校的法定代表人是“校长”。其中，并没有进一步明确学术自由权的主体。[31]因此，在实践中，不论是学术自由权还是行政管理权，其主体都可能是行政机构或人员。而学校内部的章程对这两种主体的机构设置和人员配置都不明确。[32] “我国大陆高校内部管理机构的职权，往往是习惯性的或者沿袭下来的，至多由一个学校批准的内设机构职责范围所规定。至于各种内设机构的职权界定以及在何种问题上代表学校行使职权，并不严格规定在学校的章程中。”[33] 所以，大学自治权内在结构中的博弈双方在法律地位上并不平等，缺乏公平博弈的基本前提。
因此，需要依靠法制来提升大学自治权内在结构中学术自由权主体的法律地位。一是对于纯粹属于学术自由的事项可以在教育法律、法规中明确其权利主体是学术人员。比如上文所归纳的第2类和第3类事项。二是对于可以由学术力量和行政力量共同支配的事项，不宜在教育法律、法规中明确其主体。但可以由各个学校在大学章程中根据本校的实际情况予以适当明确。比如，关于学生是否应当成为学习自由权的主体问题，笔者认为就应由大学在法律范围内根据各个学校的自身情况来自主决定，在大学章程中予以明确。三是在教育法律、法规中明确法律主体归属的基本原则。要确立学术事项由学术人员主导、行政人员有限参与的原则和行政事项由行政人员主导、学术人员有限参与的原则。这是对那些学术力量和行政力量可能共同支配的事项进行判断的指导原则。比如，上文所归纳的第4类、第5类和第7类事项，到底体现应由哪方主导，需要根据这一原则具体情况具体分析，而不宜在教育法律、法规或大学章程中予以明确。
