以北京大学为例，纵观我国公立大学自治权内在结构的百年变迁，可以发现，我国大陆公立大学自治权的内在结构基本上是学术自由权（利）和行政管理权（力）所组成的二元结构。其中，从法制上来说，第二阶段后期和第五阶段大学的自治空间已经缺失了，也就无所谓内在结构。[21]但是，在第一、二、三、四、六、七这几个阶段中，大学自治权的内在结构也并不总是处于协调的状态，而是大致经历一个均衡——失衡——均衡——新的失衡——新的均衡——新的失衡的过程。其中第一个阶段是均衡，第二个阶段前期是失衡，第三个阶段是均衡；第四个阶段是新的失衡，第六个阶段是新的均衡，第七个阶段是开始出现新的失衡。实际上，这些变化就是大学自治权内在结构中两种“要素”反复博弈的过程。当然，这一博弈空间的大小则最终取决于不同时期大学自治权的外部关系。
五、大学自治权内在结构的均衡化
从事物发展的客观规律来说，大学自治权内在结构的未来发展应当走向均衡化。这是我国深化高等教育体制改革的大环境所决定的，更是由于大学本身的逻辑所决定的。比如，自1998年始北京大学提出了创建世界一流大学的目标，并开始着手一系列的改革。要实现这一目标，就必须遵循大学的逻辑，贯彻大学的理念。“大学的理念是为人类创造知识，传授知识，传承人类文明，推动社会进步。……实现这一理念最重要的条件是，大学的教师队伍是由真正对研究和教学有特殊偏好、最具创造力最能做出原创性研究成果的学者组成，并享有充分的学术自由。”[22] 可见，消除大学自治权内在结构中两种因素的冲突和紧张、促使其逐渐实现均衡化，是我国公立大学内部治理的重点所在。当然，“均衡”并不意味着要实现学术自由权（利）和行政管理权（力）的完全对等，而取决于两者的组成结构能否适应时代的需要，取决于两者能否协调一致地促进大学的全面发展，是一种对策均衡；[23]它是两种力量相互博弈的结果，是对个人自由与行政效率两种价值的合理兼顾，是内在结构中权利和权力的合理配置，是一种结构性均衡。
（一） 大学自治权内在结构的失衡
均衡化必定是以“失衡”为前提。当然，“失衡”并不是指行政力量占主导，或者是学术力量占主导。事实上，校长治校和教授治校模式都有其利弊，到底利多还是弊多取决于所处时代背景和具体国情。[24]“失衡”是指某种模式中的行政管理权（力）和学术自由权（利）双方力量悬殊，导致行政力量干涉学术事项过多，损害学术自由；或者学术力量参与行政管理事项过多，损害行政效率。两种要素的比例不当，不能适应时代的要求。
就目前而言，我国大学自治权的失衡主要体现为学术力量深受行政力量控制，行政力量干涉学术事项过多，以致损害学术自由。主要体现在三个方面：一是学术组织结构和功能的行政化。“我国高校的组织结构或原来的校系教研室，或现在‘升级版’的校院系，在严格意义上并不是一种学术组织，而是一种教学行政管理组织。”[25]这种强调服从的等级式方式与学术活动的原则在很多情况下是相对立的。二是学术领域与行政领域的模糊化。《
教育法》和《
高等教育法》规定了大学的自主权，但是没有更加清楚地对其内部结构进行区分，这些问题应当是由学校章程来予以明确规定。而目前大多数的“学校章程因过于原则而经常被认为是‘没用’的东西”[26]，许多学校至今没有章程。[27]在行政主导的格局中，这种情形极易导致行政管理权进入学术事项的领域。如北京大学研究生院制定的《北京大学研究生学位论文的基本要求与书写格式》第一点对博士学位论文的实质要求进行规定，就有越权之嫌。[28]三是学术人员在评价体系中的缺位。在许多大学中，评价机制中没有学术人员的参与，以致学术评价体系中大量存在非学术性标准的存在。因为，“权力价值无法把握教学、科研方面的实质价值，不得不依权力意志制定一些形式化的指标，如工龄、年龄、科研经费获取量、论文字数、得奖和兼职情况等，以代替学术性的指标。”[29]
