可见，西南联大时期，由于大学自治权内在要素之间的协调一致关系，“在校内，它（教授会）有以民主的名义对抗校长独断专权的一面；在校外，它有以学术自主的名义对抗国民党派系势力对教育学术机构的侵入和控制的一面”，[11]使大学自治权和学术自由都得到极大的张扬。正如《国立西南联合大学纪念碑文》所载：“联合大学以其兼容并包之精神，转移社会一时之风气，内树学术自由之规模，外来民主堡垒之称号。”1946年7月，西南联大重返北方，三校分别重建。重建后的北京大学，虽然其内部章程中也规定了教授会，但其职权已经大大缩减，它由校长召集，并且只“审议校长或者校务会议交议事项”。[12]因此，无论是自治空间的范围还是自治权的内在结构，都已难以重现西南联大时期的光景。
（四）1949年—1956年：行政主导结构的艰难维系
新中国建国以后，中国共产党加强了对学校的领导，由1949年成立的华北高等教育委员会，统一实施高等教育的方针和计划，指导学术的改进和图书文物的管理工作。[13]大学整体上的自治空间非常狭窄，北京大学也不例外。[14] 在这有限自治的内在结构中，行政力量成为了主导。1950年教育部颁发的《高等学校暂行规程》规定实行“校长负责制”，他对外“代表学校”，对内“领导全校（院）一切教学、研究及行政事宜。”[15]而由于1951年、1952年开展的教师思想改造等政治运动，削弱了他们的独立人格和学术自主，学术自由权也非常微弱，缺乏制度保障。可见，在这一时期，大学自治权非常有限。在其内在结构中，行政管理权控制了学术自由权并以前者为主导，两者形成了一种比较紧张的关系。
（五）1957年—1977年：大学自治空间的完全缺失
在1958年“教育革命”以后，强调教育工作要“政治挂帅”。1958年9月，中共中央、
国务院发出了《关于教育工作的指示》，要求“一切教育行政机关和一切学校，应当受党委的领导。”至此，有限的大学自治也不存在了。在北京大学，不管是图书、仪器、药品的管理等属于行政管理权的事项，还是教研室的工作、教学质量、教师言论等属于学术自由权的事项，都由中国共产党通过整顿、改造等政治运动的方式来处理。[16]在这一时期，大学自治完全缺失，也就不存在所谓的内在结构。
（六）1978年—1992年：行政主导结构的初步发展
改革开放后，教育届开始呼吁大学自主权，推动了我国大陆高等教育体制改革，也使我国大学自治空间得到逐步拓展。[17]特别是在1985年5月,中共中央做出了《关于
教育体制改革的决定》，明确提出要“简政放权，扩大学校的办学自主权”。在这一改革过程中，学术自由也得到了一定扩展，但不是构成其主要内容。[18]在其内在结构中，行政管理权促进了学术自由权并以前者为主导，两者形成了一种比较协调的关系。这个时期，北京大学 “在‘百花齐放、百家争鸣’、自由而宽松的学术氛围中，科学研究空前活跃，从基础研究、应用研究到科技开发、咨询服务、科技成果转化，都产生了丰硕成果。”[19]
（七）1993年—至今：行政主导结构的重新调整
1993年，中共中央、
国务院联合颁发了《中国教育改革和发展纲要》，明确提出确立高等学校的法人地位，我国高等教育体制改革进入了一个新阶段。1995年颁布的《
教育法》是这一改革首先取得的法制成果。其中第28条规定了学校的九项自主权，其中第（八）项是纯粹的学术自由权，而其他几项则主要是行政管理权。而1998年颁布的《
高等教育法》从第
31条到第
38条规定了大学的自主权。与《
教育法》相比，其范围有所扩大，其内在结构也有所调整，纯粹体现为学术自由权的事项增多，而纯粹体现为行政管理权的事项减少。但是，在其内在结构中，仍然是行政管理权占主导，行政管理权和学术自由权之间形成了一种既协调又紧张的关系。[20]这种关系必然引导着我国高等教育改革的更加深入，反过来对其内在结构予以重新调整。
