１．依法充分行使不起诉权。我国刑事诉讼法规定了检察机关有一定的相对不起诉自由裁量权，在检察司法实践中，也在运用自由裁量权。但是，由于我们对起诉自由裁量权存在与行使的担忧，对于这一起诉自由裁量权的适用，又人为地施以限制，有的甚至在检察工作考核中，明确规定刑事案件的不起诉率，使得不少本可以作不起诉处理、减少诉讼成本与司法资源的案件进入审判程序，既造成了对当事人合法权益的侵犯，又不利于强化检察监督职能。从问题的本质来看，刑事案件中不起诉率的高低，是由案件本身的情状与现行法律规范的宽严决定的，因而应走出规定不起诉率、限制使用不起诉权的思维误区，依法充分行使不起诉自由裁量权。而规定不起诉率，限制不起诉自由裁量权的行使，则恰恰是权力的滥用。
２．扩大相对不起诉权的适用范围。不起诉制度之内在机能在于通过不起诉权力的行使，唤醒被不起诉人之良知，既达到防治再行犯罪之预防目的，又实现终止诉讼程序、减少诉讼成本之效率追求。我国刑事诉讼法在修订过程中，吸纳了当今世界刑事诉讼理论的文明成果，有条件地采用了起诉便宜主义，赋予检察机关一定的起诉自由裁量权。然而，由于规定相对不起诉的范围仅限于轻微犯罪，排除了考虑行为人主观恶性和人身危险性大小而适用不起诉决定的可能性，遏制了不起诉制度中起诉便宜主义的机能发挥。笔者认为，对于不起诉权适用范围的扩大，不仅可以扩大到所有过失犯罪，而且可以扩张到预备犯、中止犯、未遂犯、共同犯罪中之从犯，以及自首犯、有重大立功犯等，甚至可以取消
刑事诉讼法第
一百四十二条第二款关于相对不起诉规定中的“犯罪情节轻微”的限制，进一步扩张相对不起诉权的适用范围。这也是建立中国控辩协商制度中，以“减少指控”为协商内容对于起诉自由裁量权的基本要求。
３．赋予检察机关对“污点证人”的刑罚豁免权。笔者认为，在辩诉交易制度中，检察机关的起诉自由裁量权主要应当包括不起诉权与刑罚豁免权。所谓刑罚豁免权，是指检察官为了获得某种重要证据，而免除证人因作证而可能被定罪的权力。检察官的这一自由裁量权广泛存在于建立污点证人制度的国家。
在检察工作实践中，对于共同犯罪案件、行贿受贿等对合犯罪案件之侦查活动中，检察人员为了获取首犯、主犯更重要的犯罪证据，往往对从犯、胁从犯等污点证人给予一定的刑罚豁免，或不予起诉，或对审判机关提出从轻、减轻处罚的量刑建议，但这往往只是实践中的做法，法律并没有赋予检察机关对于污点证人之刑罚豁免权。笔者认为，从构建我国控辩协商制度的总体要求出发，与其让检察官没有根据地行使这种刑罚豁免权，不如通过立法正式确认和规范。从自由裁量权意义上讲，不起诉权是检察官对于犯罪行为的选择起诉权；刑罚豁免权是检察官对于犯罪人的选择起诉权。
