按照
行政诉讼法第
12条的规定，对下列事项提起的诉讼，人民法院均不受理：国防、外交等国家行为，行政法规、规章或者行政机关制定、发布的具有普遍约束力的决定、命令，行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定，以及法律规定由行政机关最终裁决的具体行政行为。其中，根据《最高法院关于执行<
中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》（2000）第
4条，"行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定"，是指行政机关作出的涉及该行政机关公务员权利义务的决定。根据
行政诉讼法第
2条和第
25条的规定，作为行政诉讼被告的，只能是行政机关或者"由法律、法规授权的组织"。一方面，学术机构通常不属于行政机关，其是否属于"法律、法规授权的组织"则存在争议，因而它能否成为适格的被告，在实践中常常是法院反复考虑权衡的问题；另一方面，即使它能够成为适格的被告，其中的工作人员大多是作为"干部"来管理的（如莫尊通案和叶训祥案中被告所主张的），常被视为"公务员"对待，因而机构的侵权又常以"行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定"之排斥条款为据，而被排斥在受理范围之外。
此外，根据
教师法第
39条的规定，教师对学校或者其他教育机构侵犯其合法权益的，或者对学校或者其他教育机构作出的处理不服的，可以向教育行政部门提出申诉；教师认为当地人民政府有关行政部门侵犯其根据本法规定享有的权利的，可以向同级人民政府或者上一级人民政府有关部门提出申诉，同级人民政府或者上一级人民政府有关部门应当作出处理。而按照第11条的规定，人民法院受理行政诉讼基本采用"法定原则"，即按照
行政诉讼法或其他法律、法规之规定"可以提起诉讼的行政案件"才属于受案范围。也就是说，教师遭受学校或其他教育机构侵犯权益的，可以提出申诉，但不属于行政诉讼的受理范围，不能提起行政诉讼。
案件受理方面的困难，可以表明学术自由侵权纠纷在进入司法救济渠道方面的缺失，但它并不能独自解释很少学术自由侵权案例的现象。我们还需要考察我国在这方面的相关法律制度。
1982年
宪法第
47条规定，"中华人民共和国公民有进行科学研究、文学艺术创作和其他文化活动的自由。国家对于从事教育、科学、技术、文学、艺术和其他文化事业的公民的有益于人民的创造性工作，给以鼓励和帮助。"1998年颁布的
高等教育法除于第
10条规定"国家依法保障高等学校中的科学研究，文学艺术创作和其他文化活动的自由"外，还在第4章对高等学校诸多方面的自主权利给予了规定，包括自主设置和调整学科、专业（第
33条）；自主开展科学研究、技术开发和社会服务（第
34条）；自主开展与境外高等学校之间的科学技术文化交流与合作（第
35条）；自主确定教学、科学研究、行政职能部门等内部组织机构的设置和人员分配，根据国家有关规定，评聘教师和其他专业技术人员的职务，调整津贴及工资分配（第
36条）；对举办者提供的财产、国家财政性资助、受捐赠财产依法自主管理和使用（第
37条）等。[07]这些规定，大致确认了公民和高等教育机构的学术自由权。
