以上是从正面来阐述。从反面来看，不同意对非法所得征收所得税的学者们所持的一个主要论据是：一旦对非法所得征税，就意味着国家承认了这些非法所得的合法性。但基于上述对于我国法律法规的分析，没有任何一条法律法规支持他们这种说法。是否具有合法性并不是所得税的征税对象——应税所得的必备特征。这些学者之所以持有这种论点，究其原因，很大程度上是意识形态的因素在作祟，是机械地把合法性与应否课税联系在一起。他们认为，征税是社会主义国家行使公权力的一种表现，如此严肃的行为怎能掺入“非法”的成分？然而，对非法所得征税并不意味着国家承认非法所得的合法性，我们应把意识形态的因素从所得税的理论和实践中剥离出去，把合法性和是否应当课税分开来看。
以上探讨的是实体法上的问题，要全面地从实然层面上论证非法所得属于应税所得，进而应对非法所得征税，离不开税收程序法上的探讨。我国现行的关于企业所得税和个人所得税征收管理方面的法律法规，在纳税申报、税款确定、税收征纳等方面均未规定须调查、核实应税所得的合法性。而且税收机关在实际操作中往往既无义务也无能力认定应税所得是否合法。例如，生产假冒伪劣产品的企业在申报所得时，税务机关无法从其账簿、凭证上查证其收入为非法所得。[7] 同理，税务机关对于内资企业因其他行为取得的收入的申报以及涉外企业、个人所得的申报都无法查实其合法或非法。因此，在税收程序法上，合法性也不是应税所得的必备特征，因而非法所得属于应税所得。
不同意对非法所得征收所得税的学者们所持的另一个论据是，对非法所得应依法予以没收，所以不应列入所得税的征税范围。然而，根据上述对于所得税程序法的分析，此类观点并不具备操作性，税收机关没有义务也没有能力查证、核实进入其征管程序的收入的合法性。当然，“如果在征税过程中发现某项所得为非法所得，应向司法机关通报。”“征税后如果发现其为非法所得，照样可以对违法所得绳之以法；如需对违法者课处没收或罚款，已纳所得税金可以从中抵扣，甚至不抵扣。”[8] 这种处理方法是合理且具有可操作性的，在我国现行法律法规中已有相应的规定。
国家工商行政管理局在《关于经济违法违章案件非法所得计算方法扣税问题的答复》（工商公字[1999]第327号）中规定：“工商行政管理机关在查处经济违法违章案件时，对行为人在作出处理决定前已缴纳的税款，应在计算非法所得时予以扣除。对由于行为人不配合调查，拒不提供缴纳税款的有关材料，从而难以确认其是否缴纳税款或缴纳税款的具体数额的，可在计算非法所得时，暂不予以扣除。”
