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（二）横向设置职能部门按、精简、统一、高效和职能相近或相同的原则设置并使其要体现监狱职能的转变并使其职能分明。世界卫生组织曾指出，人的健康包括生理和心理健康。建议将近年来在各监狱设置在教育科或单独设置的心理矫治科（室）并到生活卫生科，由生活卫生科主管罪犯的心理和生理疾病矫治工作。目前各省（自治区、直辖市）监狱学会在各监狱均设立了分会组织，均有专兼职人员负责；目前在大多数监狱均设有罪犯改造研究室机构，有些监狱还设有的法制机构，为了使监狱内部机构设置精简，建议将监狱罪犯改造研究室、法制科（室）和省（自治区、直辖市）监狱学会在各监狱设立的分会合署办公，实行“三个牌子，一套人马”的管理体制，统一负责各罪犯改造理论研究和监狱法制工作。鉴于监狱纪检监察和审计工作量因监企体制改革后变小且两者职能相近，建议监狱设立督察处，与纪委合署办公，实行“两个牌子，一套人马”的管理体制，建议将督察处在正县建制的监狱应高挂为副县级，在其内部设纪检、监察和审计专职员等职务。设立劳动改造管理部门，使其对罪犯的劳动保护、劳动安全、劳动技能培训、劳动改造表现考核等事务统一管理，并将其作为与监、企分开后的企业进行联系的中介机构。对目前监狱存在的工会组织，以维权处（监狱警察执法权益维护处的简称）的名义设立，并与监狱企业工会合署办公，实行“两个牌子，一套人马”的管理体制。设立警务管理部门，对警服发放、警械更换、武器保管、警体训练等事务进行统一管理。将目前的狱政管理部门分为刑罚执行和狱政管理两个部门。对财务科因监企体制改革和监、企、社分离完成后财务管理职能削弱，建议撤销其机构，将其承担的部分功能（行政事业费用收取上缴和监狱人民警察工资造册）由监狱办公室承担。对原有的政工、教育改造、生活卫生、狱内侦查、办公室等监狱内部机构予以保留。
（三）内部机构设置要依法进行，规范设置。对机构的名称、职能、级别等应用法律法规做出明确规定，增强在设置上的可操作性。建议尽快出台《＜监狱法＞实施条例》，对监狱内部机构设置用法律法规的形式做出明确规定，增强监狱内部机构设置的可操作性，使机构设置依法进行。
（四）对监狱内部机构应定性准确，监、社、企的机构要分开。如对子弟学校应移交地方教育部门管理，不再将其当作内部机构管理，属于警察身份的教师，根据个人意愿决定去留，继续任教的不再保留警察身份。对监狱农场农业技术推广等机构要定性成企业或事业单位，不能再以行政性质的机构出现。
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