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2．行政机关有时既可能本身参与了规则的制定，同时又是规则的解释者。也就是说，既是足球赛场上的运动员，同时又是裁判员。这就不可能排除行政机关以规则来为自己的行为辩护，努力寻找自己行为的正当化证明。现实中存在的大量的地方政府规章及其他规范性文件大多都存在这样的问题。另外，行政机关在解释和适用规则的同时，会裁剪选择对自己有利的条文或语词，而避免对自己不利的条文或语词。上文所提到的“路达（厦门）工业有限公司因排放恶臭气体污染环境被厦门市环境局行政处罚案”中，厦门市环境局做出处罚的依据中提到了＜厦门环境保护管理规定＞第21条和第25条的内容，经查原文有关的内容分别为“厦门市环境保护局可规定过渡性排放限额指标，发给临时排污许可证”和“厦门市环境保护局可在报请厦门市人民政府批准的同时，采取相应措施，避免或减轻污染损害”。但是在厦门市环保局适用时却只裁剪了对自己有利的“过渡性排放限额指标”和“采取相应措施，避免或减轻污染损害”。 就是一个例子。
3．行政机关有自利倾向。传统理论往往认为，政府是“夜警”，是守夜人，政府往往被想象成没有自己利益的，而是一心为了民众提供服务的。但是随着经济学家的研究开始发现 ，政府也是有自己利益的，从而打破了政府神圣和崇高的神话，揭开了笼罩在政府头上的面纱，让政府走出黑箱，由天上返回到人间。政府本身也是经济人，也有自己的利益考虑。例如上文中厦门市环保局适用时却只裁剪了对自己有利的“过渡性排放限额指标”和“采取相应措施，避免或减轻污染损害”就可以证明这一点。另外，由于本身力量不及或者处于自利考虑，行政机关有可能被大型企业等社会团体所“俘虏”或支配，成为被管制企业的工具。
当然，上面的分析可能是肤浅的，不全面的，但是它还是可以大致作为笔者的一个研究提纲，供笔者以后研究之用。但是还是可以看出这些分析还是大体上回答了本部分开始时的提问，即为什么法官在一些案件中会适用合理性审查原则？通过分析我们可以看到因为行政机关在规则制定和执行的过程中会考虑合理性的因素，因此法官为了对该部分行为进行监督和控制，也有必要运用合理性审查的原则对该部分行为进行审查，当然如同在第二部分所说的那样，法官也有必要保持适度的克制，防止过度侵犯行政的领地。
四、余论
（一）合理性审查与实质合法性
合法性（legitimacy） 或正当性、正统性，其意在实质合法性，强调实质意义的正当、合理及其道义基础，多诉诸自然之法或道德之法 。就法律层面来看，“法律的制定及其实施是人们意识活动的特殊表现，法律上的“合法”与“不合法”也只是立法者基于一定的社会基础，根据某种或某些价值目的，对社会上形形色色的行为的归类。但是，世界万物的普遍联系和连续运动决定了：（1）在相对确定的合法行为与不合法行为之间存在大量不易明确类属边界的中介行为；（2）相对确定的合法行为或不合法行为的性态不会随时间、空间的位移而永不改变。因此，社会行为虽有大部分已为法律暂归为合法与不合法两类，但仍有不少行为因其类属和性态的不明确性过强，法律或者没有涉及或者以模糊性标准描述它们。” 因此在这种情况下，法官就有必要运用合理性审查来对行政机关的行政行为来进行审查。而“合理”一个又是一个灵活的概念，需要考虑复杂多变的各种因素。在笔者看来，以下几点是可以作为借鉴的：如法官设想如果是自己作为行政相对人是否会觉得法院的判决合理，行政机关的行政行为是否会被人们所认可或接受，人们会不会认为行政机关的行政行为的不可理喻的、荒谬的等等。
（二）法院适用合理性审查原则时应注意的问题
首先，合理性审查原则并不是对于所有的行政案件都要适用。对于一般的普通的行政案件，法官可以适用简单的三段论，适用合法性审查就可以作出裁判。只有对于一些特殊的案件，当严格适用合法性问题并不能解决问题的时候，才有必要适用合理性审查的原则。当然，这有赖于法官的自由裁量，同时也需要法官的个人自我克制。
其次，必须防止司法专断。法官也是理性有限者，我们必须防止刚走出了行政的专断却又陷入了司法专断。虽然通过正当的法律程序可以缓解这一问题，如二审程序、再审程序等，但是这也不能完全解决问题。如何控制司法的自由裁量权甚至司法专断就成为随之而来的问题。我们大致可以从以下几个角度来考虑，如完善立法，加强司法解释；改革相关体制，确保司法独立；改进司法裁判文书，加强判例指导等等。
最后，与上面相联系的是，适用合理性审查原则有必要提高法官素质。提高法官正确理解法律的能力和素质，更要有是非感。可以考虑从三个方面来提高法官的素质，“（1）职业道德的培训；（2）职业角色的培训，尤其是帮助法官认同自己不仅仅是“法律的喉舌”，特殊情形中还是“立法者”；（3）专门知识和技术的培训。”
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