校内申诉制度，是指学生因对学校有关职能机构或人员作出的处理决定不服，或认为其具体行为侵犯了自身合法权益，申请学校依照规定程序进行审查处理的制度。学校应设立申诉委员会，受理学生申诉请求。申诉工作程序包括申请审查、受理、直接听取争议双方意见和理由，进行必要调查，在此基础上依多数意见形成处理意见书，经学校批准后，正式作出申诉处理决定。
行政申诉制度，是指政府、教育行政部门依法处理学生申诉请求的制度。现实中，教育行政申诉案件被安排在信访部门，申诉也并不必然引起法律程序，致使学生申诉往往石沉大海。因此，必须对行政申诉机制和处理程序加以完善，加强处理行政申诉相应机构建设，明确其受案范围，并规范处理申诉案件的程序。
（2）建立教育仲裁制度
教育仲裁制度是指根据教育法律规定，当学生与高校发生纠纷时，依法向专门设置的教育仲裁机构申请，由教育仲裁委员会依据法律规定进行调节、裁决的一系列活动。教育仲裁制度除具有仲裁制度的一般法律特征之外，还具有自身特点，如仲裁机构应设置在教育行政主管部门内部；仲裁员的组成上应由教育行政部门代表、高校代表等组成，聘任教育界人士、法律界人士担任兼职仲裁员，保证教育仲裁的专业性和合法性。教育仲裁的受案范围应当与诉讼的受案范围一致。当学生未能或不愿通过申诉解决纠纷时，可在申请仲裁和提起诉讼之间选择，对仲裁裁决不服仍可提起诉讼。
（3）充分保障学生诉权
长期以来，高校和学生的法律关系一直没理清，高校与学生纠纷是否具有可诉性争执不下，法律也没有明确规定，致使实践中对于这种纠纷受理与否存在不确定性，学生诉权得不到有效保障。
从比较法角度看，二战后，德国的乌勒教授对“特别权利关系”理论进行了修正，将特别权力关系划分为“基础关系”和“管理关系”。⑤所谓“基础关系”，是指涉及该特别权力关系产生、变更及消灭的事项，例如学生身份资格的取得、丧失等，可提起司法救济。所谓“管理关系”，是指为了达到行政目的，权力人所为一切之措施，如学生的考试考核的评定、仪表规范、宿舍规则等。此类规则措施，视为行政内部指示，不视为行政决定，故不可提起诉讼。在乌勒理论基础上，德国又发展起“重要性理论”，确立了法律保留原则的适用，“管理关系”事项中如涉及公民基本权利时，也必须由法律予以规定。
由此可见，当高校与学生的纠纷涉及到学生身份取得与丧失以及学生作为公民所享有的基本权利时，理应得到司法救济，并应该在《
行政诉讼法》及相应法律法规中明确加以规定。令人欣慰的是，最高法院针对高校频繁被诉、学生维权无门的现状作出了积极回应。据《法制日报》披露，最高法院拟出台一项司法解释，把有关高校招生、学历发放、教师资格处理和学生退学等方面的教育纠纷纳入行政诉讼范畴，这将会在依法治校进程中起到重要作用。
