特别清算是指日本商法第431条以后规定的适用于股份公司的特别清算程序。第431条第1款规定了特别清算程序开始的条件，即“法人认为在清算实行中遇到显著障碍时，可以根据债权人、清算人、监察人、股东的申请或依职权，命令公司开始特别清算。公司有债务超过之嫌时，清算人应当提出特别清算申请。这就是说，开始特别清算程序是以股份公司进入清算程序为前提的。该程序是指在清算中的股份公司处于倒产状态时，如果认为不能达到公平清算的目的，可以根据债权人、清算人等的申请开始特别清算程序。在特别清算程序中，清算人称为特别清算人，由其制作协定案，通过协定案决定程序的进程。该特别清算程序由法院决定开始，程序开始后，其他破产程序或个别权利的实行程序停止进行或者中止进行。债务清偿根据债权额的比例进行。特别清算程序最重要或者核心的内容是协定案，协定案根据法律规定的多数决原则表决，经过法院认可就产生效力。具体清算就是协定案的实行。对财产评估后，协定案的实行有困难的，可以进行变更。如果不能预见协议的实行有困难，法院可以依职权决定由特别清算程序转向破产程序。
公司法在普通清算程序外设定特别清算的意义在于通过法律规定的程序，强化法院的监督，保护债权人或股东的利益。
公司整理制度是指日本商法第381条及其后条款的规定，适用对象限定为股份公司。公司整理是指在法院的援助、监督下，通过债权人的协助，为了谋求企业维持而进行的再建型倒产处理制度。日本商法第381条规定：“根据公司现状及其他事由，法院认定其有陷入支付不能或债务超过之虞时，可以根据董事、监察人及自六个月前起连续集有十分之一以上债权额的债权人的申请，命令公司开始整理。认定公司有支付不能或债务超过之虞时，亦同。”该程序是对破产和解和法院外整理的一种协调。公司整理开始的原因要比和解程序开始的原因提前，提前到公司有不能偿债之虞时，具体制度设计比和解制度更为灵活。其最大的特征就是整理内容和其程序由关系人自主形成。首先，法院受理公司重整案件后，由整理委员达成整理计划案，一旦取得全体债权人的同意，法院就可以命令开始实行整理。如果预见整理不能成立，则与和解的情形相同，法院可以依职权宣告破产并转移到破产程序。从这个意义上说，破产程序是终极的倒产处理程序。当然，法院认为必要时也可以移交和解程序。
五、日本倒产法律体系的革新和进步
2004年2月，全面修订的破产法案提交国会，新破产法于2004年6月2日公布。为了提高破产效率，维护社会公正，新破产法对日本倒产法律体系的革新主要体现在程序和实体两个层面：
