实践中有一种论调认为，审计机关就国家建设单位财务收支作出的审计决定书，系国家审计机关基于行政管理所作出的一种具体行政行为，而施工单位并非该具体行政行为的相对人，故对其无任何约束力。也就是说，如果审计决定书的行政处理是扣付核减的工程款，对这笔扣付的工程款，国家建设单位仍应如数支付给施工单位，国家建设单位对这笔损失应自己承担；如国家建设单位已多支付给了施工单位，则应从国家建设单位收缴，而不是从施工单位收缴。我们可以看出，如果这种观点成立的话，则最后承担这笔核减工程款的仍是国家建设单位，资金来源仍是国家资金，这样的话，审计机关的审计等于空忙一场，受损失的还是国家投资，得益仍是那小部分人，审计不审计一个样，难道这就是国家设立国家建设项目审计的初衷吗？显然不是。既然不是，我们就可以得出审计决定书对施工单位有约束力、对其权利义务产生实际影响的结论。
因此，施工单位对审计决定书有异议的，应首先作为法律上利害关系人以原告名义向审计机关提起行政复议，对复议决定不服的，可提起行政诉讼，要求撤销审计决定。法院不应允许施工单位绕过对审计决定书的行政诉讼程序，而直接在民事诉讼中对审计决定书提出异议甚至否定审计决定书的法律效力。审计决定书的有效性和准确性只能在行政诉讼程序中解决，法院无权在民事诉讼程序中解决一份行政处理、处罚决定的准确性和有效性问题。在一份生效的审计决定书未经行政程序撤销前，人民法院必须认定或假定它是正确的、有效的，应当以该审计决定书作为判决建筑工程承包合同案件的依据，而不应不理会对建设单位和施工单位均有约束力的审计决定书，更不能如浙江省高级人民法院(1997)浙法经字16号通知所指出的“以建设银行的鉴定结论否定审计结论”。
三、从《
合同法》规定来看，未经撤销的审计决定书也可以否定建设单位与承建单位的有关竣工决算合同条款的效力。
（一）施工单位在承包国家建设项目时应视为无条件接受了以审计机关的审计结论作为竣工结算的依据
国家建设项目的竣工决算须经强制审计，是完全公开的国家法规规定，应视为国家建设项目招标文件的默示内容，作为承包国家建设项目的施工单位无理由不知道。因此施工单位一旦对国家建设项目承包提交投标书，就意味着他们无条件接受了以审计机关的审计结论作为工程竣工决算的依据，即使实际签订的建设工程承包合同条款中排除了审计机关的审计，也因为违反了全国人大常委会颁布的《
审计法》和国务院颁布的《
审计法实施条例》的强制规定而无效。
