由于巨额财产来源不明罪立法存在着上述缺陷，因而在司法实践中带来了以下弊端：
1、不利于遏制和减少国家工作人员职务犯罪。由于该罪是一个典型的“口袋罪”，责令其说明合法来源并不具有任何强制力。犯罪嫌疑人受侥幸心理驱使，为趋利避害，避重就轻，不愿主动配合侦查工作，增大了调查取证的难度。侦查机关对难以获得证据的犯罪事实，只能认定为巨额财产来源不明罪，致使一些共同贪污人、行贿人逃避了司法制裁，造成了打击不力。
2、不利于体现罪刑相适应的
刑法原则。刑罚不仅要与犯罪性质相适应，与犯罪情节相适应，还要与犯罪的社会危害性相适应。几百万元的巨额财产不能说明其来源，这一犯罪事实的犯罪情节和社会危害性，应高于其受贿数十万元、几十万元，但两者之间的量刑差距很大。如来源不明的财产数额特别巨大，即使对其处以最高刑罚，也仅仅只有5年有期徒刑，犯罪数额大小、犯罪情节轻重与量刑之间没有可供选择的更多空间。
3、不利于促使涉案犯罪嫌疑人主动认罪伏法。犯罪嫌疑人拒不说明其财产来源的原因，主要有巨额财产是贪污、受贿等非法手段所得，其行为已触犯
刑法相关条文的规定；可能涉及到其他共同贪污人、行贿人和新的犯罪事实；涉嫌其他犯罪的刑罚明显高于该罪的刑罚。鉴于此种情况，犯罪嫌疑人拒不履行说明财产来源的义务，既拖延了办案时间，影响了诉讼效率，又增加了办案成本，使司法机关无法按其财产的真实来源进行定罪量刑，最后只能按照巨额财产来源不明罪予以处罚，形成了“罚不当罪”和“刑罚过轻”的现象。
四、巨额财产来源不明罪的立法建议
（一）理论界法学家的立法建议
从上述可以看出，《
刑法》第
395条规定的巨额财产来源不明罪，不仅犯罪主体范围较窄、说明财产来源要求较低，且刑罚也相对偏轻，难以适应当前反腐败斗争的需要，不利于惩治国家工作人员职务犯罪，亟待进一步进行适应性调整和完善。
广大学者纷纷提出立法建议，主要有：1、建议加重刑事责任。将原定最高刑期为5年有期徒刑，修改为有期徒刑、无期徒刑乃至死刑，加大对巨额财产来源不明罪的处罚力度；2、建议增加量刑幅度。根据来源不明财产的数额，参照
刑法贪污、贿赂犯罪的刑罚规定，对量刑作适应性的层级调整，明确规定巨额财产来源不明罪的量刑幅度，充分体现刑罚上的差别，从而严厉打击企图规避法律制裁的犯罪分子。3、建议实行证据倒置。当前检察机关负责提供包括犯罪嫌疑人的合法收入、一定时期内平均消费支出等证据材料，用以证实其来源不明的巨额财产。实行证据倒置，由犯罪嫌疑人承担说明巨额财产来源合法的证据，不仅可以迫使犯罪嫌疑人主动交代其他犯罪问题，提供相关的犯罪证据，还会进一步加快办案进度，提高诉讼效率，从而体现法律的公正性和严肃性。
