从理论上说，国有企业从政府审计逐步转变为接受会计师事务所进行的民间审计，也有助于政府审计在我国进行更清晰的定位，使得国家审计机关能够集中精力审查监督政府部门公共资金的运用情况。然而，这一转型的顺利完成需要有关部门在政府审计与民间审计之间进行协调。按照前述国发[1996]16号文的要求，财政部应“会同有关部门”制定企业年度审计的具体实施办法，“国家主管机关”应加强对会计师事务所（审计事务所）和注册会计师执业质量的监督检查。但实践中，财政部单独拟订了《
国有企业年度会计报表注册会计师审计暂行办法》，规定了各级财政部门对注册会计师审计的监督检查权。这就难免引起与《
审计法》关于国有企业审计的规则之间的矛盾。
不知是一种巧合，还是出于某种对峙的思路，国家审计署从1999年开始陆续发布《
国有企业财务审计准则（试行）》、《
审计机关监督社会审计组织审计业务质量的暂行规定》等审计规章。在《
国有企业财务审计准则（试行）》中，国家审计署强调了审计机关对国有企业的审计管辖权，即依照《
审计法》以及相关法律规定独立行使对企业的审计监督权，评价被审计企业的资产、负债、损益的真实、合法、效益，处理、处罚其违反国家规定的行为。实践中，政府审计的建章建制似乎卓有成效。从2000年开始，国家审计署陆续披露一些审计大案要案，其中不乏一些大型国有企业存在的严重经济问题和违法犯罪行为。社会各界对不断刮起的“审计风暴”给予高度评价，这与注册会计师在证券市场中频频卷入公司财务丑闻，造成公众信任度的急剧下降形成了鲜明的对比。
可以说，政府审计的高调与注册会计师审计的低迷，某种程度上成为对我国企业审计体制改革设计的一种嘲讽，也令此次的《
公司法》修改面临一个棘手的选择。是维持现状，保留原有《
公司法》第
175条含糊不清的规定，还是依循我国近年来企业审计体制的改革路径，确立注册会计师对公司的独任审计？显然，前一种选择对于立法者而言政治风险最小，因为它没有触动现有的监督权力配置格局，不会引起部门利益之争，同时也迎合了现有的公众舆论对审计主体的认知。
然而，维持《
公司法》第
175条的规定是一种不负责任的选择，它混淆了政府审计与公司审计完全不同的定位，忽视了公司审计的内在机理，不仅不利于财务审计在公司治理中发挥应有的作用，也将极大地制约国家审计机关在其最重要的职能——廉正政府的构造——方面扮演的角色。我国注册会计师审计现状的不尽如人意，在相当程度上源于整个社会（包括政府部门）的信用缺失，这不应当成为维持公司审计双轨制的借口。特别需要指出的是，公司审计制度存在的根本意义，在于通过外部监督减少代理成本，实现公司效益（广义上）的最大化。因此，立法者必须权衡审计收益与成本的关系。所有的审计都有成本。政府审计与注册会计师审计的重叠令公司承受的负担如果大于审计带来的收益，审计制度的价值也就不复存在了。实践中，围绕着审计、财政、证监会等不同部门对会计师事务所同时行使检查监督权而带来的重复检查，已经让专业人士不堪应付。如果同样的局面在企业身上再现，所造成的整个社会资源浪费与损失将会更大，因为企业是社会财富的实际创造者。
