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不过，尽管《责任和赔偿议定书》虽然有上列优点，并初步解决了危险废物和其他废物越境转移的国际赔偿责任的承担问题，但由于其仍有一些悬而未决的疑问和缺憾，仍难以全部解决这一领域的国际责任问题：
（1）议定书没有规定国家应承担的国际赔偿责任，亦未规定缔约方间废物转移的国家责任。议定书未能采取像民用核领域内普遍采用的双重责任体制，所以当“应承担责任的法人或自然人无法确定，无力承担赔偿或无法提供全额赔偿时”， 国家不会作为二级责任人承担剩余的赔偿责任，故而受害者的损失在议定书下可能并不能得到完全的补偿。这种安排也不能促使“国家作为二级责任人而努力减少废物的生产和转移。” 而对于国家责任，议定书仅在第16条规定“本议定书不应影响各缔约国根据一般国际法中有关国家责任方面的规则所享有的权利和承担的义务。”所以国家责任的问题，议定书没有调整，而是全部交由一般国际法调整。
（2）废物的生产者（generator）没有包括在严格责任的承担者中，而废物的生产者往往是“最具有经济实力的人”，是“制造危险和可能避免危险的人”，也是“能够选择出口者、承运人和处置者的人”。如果废物生产者不承担严格责任，那么“污染者负担”原则就会被替换成“经纪人负担”（the Broker Pays Principle），并使废物生产者“能以将责任转嫁给中间人、经纪人甚至邮递公司的方式逃避责任”。 这显然与《巴塞尔公约》要努力达到的“产生的危险废物和其他废物减至最低程度”及“在符合危险废物和其他废物的环境无害和有效管理下，把这类废物的越境转移减至最低限度”的目标背道而驰。
（3）议定书没有将赔偿责任延伸到已处置完毕的废物造成的长期损害。根据议定书第3条第1款，处置完毕是议定书责任范围的终点，而《巴塞尔公约》中对于处置的定义是“指本公约附件四所规定的任何作业”，附件四中的“作业”如“D1置放于地下或地上（例如填埋）”、“D10陆上焚化”等，在这些“作业”完成后，仍可能产生严重的环境损害。议定书未适当定义“处置完毕”，也未明确指出其责任应适用于废物处置完毕后的损害，这与《巴塞尔公约》包含“后续管理”（aftercare）的作法有很大矛盾，“这也使得议定书潜在地成为多余的无意义的法律工具”，因为，“类似责任体制早已存在于大多数运输方面的条约中（如国际海事组织（IMO）的HNS公约）”。
（4）议定书未能设立国际基金。国际基金“首先可以在责任人本身无力承担或找不到责任人时给予受害人补充赔偿；其次能以生产废物的工业企业交纳基金费用的方式实现‘污染者负担原则’；最后能在紧急情况下和消除污染阶段提供快捷的补偿。” 议定书草案中第8条曾提出设立国际基金的构想，但最终因为对于设立必要性、资金来源、结构、管理等在缔约方间存在巨大分歧而决定不在议定书中具体规定。
（5）议定书在责任者的“共同责任”、非法运输者的严格责任、议定书与其他相关责任与赔偿条约协定间的关系等问题上也有一些漏洞或需要解释澄清之处。 议定书并没能全面解决缔约国间废物越境转移的国际责任问题，尤其是国家责任问题。
尽管如此，《危险废物越境转移所造成损害的责任与赔偿议定书》的批准必将能有利的推动公约的实施。这是因为，议定书一旦生效，国际间废弃物交易所需负担的经济和法律成本将跟着水涨船高。以往厂商输出危险废物可能不需要提供或者只需要提供很少的财务保证金，一旦该议定书正式生效后，厂商所需提出的责任保证金数目将是数百万或数千万美元，，如越境转移危险废物而造成输出国的环境损害时，其金额将更为庞大，财力再雄厚的企业也禁不起一次的危险废物输出意外事故。而且，出了意外，厂商除了面临庞大的责任赔偿金之外，后续的民事赔偿与法律诉讼也将成为无穷尽的梦魇。因此，可能面临的沉重经济和法律负担将迫使缔约国的有关企业不断提高处理能力，还可以促使缔约国加强危险废物的环境无害管理和越境转移的严格控制，最终推动《巴塞尔公约》宗旨和目标的有效实现。
五、前景分析
1、《巴塞尔公约》的隐患：美国和若干非洲国家拒绝加入
巴塞尔公约目前共有151个国家和欧盟加入，然而全球危险废物产生量相当可观的美国，目前并未加入该公约，但全程参与了公约的发展。美国和阿富汗、海地是目前仅有的三个签署了公约但未批准的国家。美国尚未加入的部份原因来自于其国内利益团体的压力。由于加入并认可巴塞尔公约后，美国国内所产生之危险废物及可回收再利用之废物将受到严格的管制；换句话说，那将大幅增加美国厂商的生产成本，削减其全球的竞争力。而美国迟迟不愿正式加入并认可巴塞尔公约的另一部份原因为，目前巴塞尔公约中对于废物的范围、种类、及定义，与美国国内的认知和国家利益仍有所抵触，且在其相关法令上须作部份的调整，同时美国对于巴塞尔公约运作的经费来源，即各缔约国会费的缴交仍有疑虑；基于以上诸多原因使得美国仍犹豫不决，使其成为巴塞尔公约下的漏网之鱼。
对于部份的非洲国家仍未成为缔约国是巴塞尔公约的另一隐忧。由于这些国家长年动乱，缺乏相关技术或缺少资金等等因素，使其极易成为其他工业国家的垃圾场。因此，除了在巴塞尔公约中强制禁止发达国家将废物输往发展中国家外，同时应利用现有的技术，资金加速转移并辅助发展中国家建立相关的技术和环境保护概念。另一方面，结合其他相关的国际组织，如WTO中的贸易与环境委员会，以保障发展中国家，在世界贸易中不致于因发展贸易活动而使环境受到危害，以及提供技术和财务支援等不同层面的援助，使其免于沦为发达国家废物的堆置场或牺牲品。
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