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在市场操纵案件中，各国均规定由行政机关承担市场操纵行为成立的举证责任。由于举证责任由法律明确规定，因此除非在同阶次法律另有规定的情况下，否则不得擅自将举证责任倒置，改由被处罚人就行为违法性举证。在所研究的国家中，只有个别国家或地区的立法就证明的某些问题实行了举证责任倒置，如香港对“洗售”和“相对委托”犯意的举证责任倒置等。因此，可以得出结论，在市场操纵审裁处罚程序中，行政机关负有主要的举证责任，除非法律明确作出责任倒置的规定，否则不得擅自适用举证责任倒置原则。
五、市场操纵证明程序比较
美国市场操纵证明程序分为证据收集、质证和证据审查三个程序。在证据收集程序中，虽然法律并没有规定当事人有进行证据发现的当然权利，但美国证监会的行为规范（rules of practice）规定了当事人要求证据发现的权利范围。证监会的法律执行部有义务将其在提起行政程序前取得到的有关文件和证据提供给当事人查阅和复制。在质证程序中，是否准许质证应完全取决于行政机关的自由裁量权。由于市场操纵案件的证人往往是行业内的专家，质疑他们的可信度非常困难，因为质证人一般不具备挑战专家所使用的方法和分析技巧的专业技能。在证据评估环节，行政程序中的证据评估集中在传闻证据的可采性问题上，在决定某一传闻证据是否充分时，听证官会考虑双方当事人提交的证据的数量和质量、需裁决问题的种类、裁决对当事人的影响以及案件的其他一些背景因素。
德国的市场操纵属于违法秩序行为，违反秩序行为的成立必须具备三要件：一是行为符合规范构成要件，即构成要件该当性；二是行为具有违法性；三是行为具有有责性。因此，证明程序被分为该当性判断、违法性审查和有责性判断三个步骤。在该当性判断中，主要判断行为人必须具有《有价证券交易法》第20a条规定的事实。诸如，行为人具有主体资格；实施了符合构成要件的不实陈述、交易或委托、其它欺诈行为，或以不作为的方式隐瞒重大事项；行为具有影响股价或市场行情的能力，等等。违法性判断主要是从法律规范的整体价值观上对该当构成要件行为进行评价、判断，将法律精神所能够容忍和许可的行为排除出去，亦即将法律规定的违法阻却事由排除出去，如果不存在法律规定的阻却违法性事由，即可推定其同时具有违法性。有责性判断既要判断行为主体的责任能力和责任故意，也要明确该行为所应承担的法定责任。
我国既有的法律，没有行政程序方面证明过程的要求，相应地对证据可采性和市场操纵行为构成上没有权威统一的理解，这一问题有赖于对
证券法既有规定的解读和执法机构对此问题的理解。
