上文提到，随着知识产权法的研究的发展，在技术出资的本质是一种权利出资而不是有形物的出资方面应该已经达成了共识。但是，各种技术权利本身又是一种权利束，既有专有权，又包含着各种许可使用权等等具体的权项。实践中关于出资的具体权利类型问题方面存在很多争议。出资时，投资各方往往对于出资的权利类型缺乏明确的约定，纠纷发生时往往由于技术合同与公司规则的交织而异常复杂：技术使用权出资与
公司法的出资制度存在何种冲突，效力如何？判断一项出资究竟是专有权出资还是使用权出资的标准是什么？技术所有人与公司、债权人的利益保护何者优先？使用权出资情况下所形成的许可人/出资人与公司的双重法律关系如何协调等等。
学界的争议首先体现在“单一的技术所有权或者专有权出资论”与“多元权利类型出资论”这一基础性分歧上。坚持专有权出资的理由包括如下：第一，根据
公司法的基本原则，公司是以其全部财产对于公司的债务承担责任的，其前提条件是公司必须独立拥有财产权，而各种具体的权项都不是独立的财产权，所以不能作为一种出资形式，尽管他们可以作为技术贸易的形式； 第二，按照公司制度的基本原则，股本一般是不能抽回的，因此作价入股的专利权等权利也必须是彻底的财产权转移，才能满足这个条件。但是一般来说许可合同都有期限限制或者在一定的条件下，许可方可以收回其许可，二者是矛盾的。 第三，《
公司法》第
25条：“以实物工业产权非专利技术或者土地使用权出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。”从其中的“办理转移手续”来看，只能是专有权出资，因为使用权的转让是没有必要办理转移手续的。因而可以说知识产权的出资行为，其法律性质就是知识产权的转让行为。
多元权利类型出资论的理由有如下：第一：技术成果作为一种无形财产，其不发生有形控制的占有和损耗，在同一时间可由不同人使用，在不同地域同时实践也为可能。技术成果无形性的特点，决定了其权能组成部分具有一定的独立性，只要有技术成果存在，其各项权能就能独立存在，就能被占有和支配，既然如此，以技术部分权能入股又有何不可？第二，资本就是能够带来剩余价值的价值，而技术成果的部分权能一旦与货币、实物相作用就能给各出资人带来更多的产品或更多的附加值。可见，技术成果部分权能也具有资本的属性，因此，其亦可成为出资的内容。第三，技术成果所有权转让的作价远高于其使用权等权能的转让，而且很多情况下，为得到先进技术的投资者只是希望得到有关技术的使用权，如技术出资人以所有权入股从经济上来说对其他投资者是不合算的。因此，允许其以部分权能入股也有利于其他出资人。 第四，技术出资本质是一种权利出资，新设公司需要占有的是使用技术成果的权利而非技术成果本身，得到技术所有权或者技术使用权都可以达到此目的。
