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第五部分（第18条）专门谈了船旗国的义务。是针对船旗国未能有效地对悬挂其本国国旗的船舶在公海上的捕鱼行为进行管辖的现状，以及由于船旗国的纵容态度致使公海捕鱼中出现渔船悬挂方便旗的现象而做出的安排。协定鼓励船旗国引入许可证制度，并要求船旗国对悬挂其国旗的船只及其捕鱼活动进行检测、管制和监督。
第六部分（第19-23条）规定的是协议的遵守与执法。这项任务首要的是落在船旗国身上 ；同时协定鼓励国际合作执法 ；但规定最详尽的还是执法的分区域和区域合作。第21条建立了一个相对完善的区域实施机制，同时也是对公海捕鱼自由冲击最彻底的机制。它规定，一国一旦加入这类组织，就必须接受其本国船舶在公海被它国经某一RFO授权登临和检查的可能性。这种登临和检查，被认为是大家十分熟悉的军舰或海岸警卫船只的登临和检查权在渔业方面的“特殊适用”。海洋法公约第110条对登临和检查权的规定是开放式的，即允许在A和B两国间通过协议，彼此授权对悬挂另一国国旗的船舶进行登临和搜查。协定的第21条可以被视为性质类似于这种协定的一个授权条款，从而导致检查的权力甚至可施于其船旗国不是该RFO成员、但是本协定缔约国的渔船。考虑到该条款的严厉性，它只适用于协定的成员国；并且为防止该项权力被滥用，第22条详细规定了一系列登临和检查权行使的最基本的程序要求。
第七部分（第24-26条）考虑的主要是发展中国家的特殊需要、与发展中国家合作的形式、及特殊援助。条约的措辞还特别传达了某些信息，包括这类帮助的对象不应包括像中国、南韩这样的主要远洋捕捞国家。
第八部分（第27-32条）规定的是争端的和平解决机制。该协定中适用的完全是《公约》第十五部分的规定，批准了该协定的国家即被视为接受了一定形式的、具有强制性争端解决程序，包括和解、仲裁、诉诸国际法院或国际海洋法法庭。
第九、十、十一、十二部分（第33-36条）都各只有一个条款，分别对“非缔约方”、“诚意履行”、“赔偿责任”、“审查会议”做出规定。第十三部分为最后条款（第37-50条）。协定不允许作出保留或例外。
两个附件分别是：《附件一：收集和共用数据的标准规定》、《附件二：在养护和管理跨界鱼类和高度洄游鱼类种群方面适用预防性参考点的准则》。
《跨界鱼类种群协定》虽然只是一个执行性文件，但它的影响力是不可低估的，它最重大的意义就在于为沿海国和在公海捕鱼的国家履行对跨界鱼类种群和高度洄游鱼类种群的养护和管理义务而进行国家间合作设置了一个有力的、具有可操作性的机制。该机制在某些方面甚至是强制性的，因为批准了该协定的国家即被视为接受了一定形式的、具有强制性的争端解决程序，包括和解、仲裁、诉诸国际法院或国际海洋法法庭。这是由于：首先，协定是由一个全球性的会议经全体协商一致的方式通过的文件，它所体现的相对广泛的全球意志，是其它区域性或专门性的条约所无法比拟的；其次，协定进一步体现了对“公海捕鱼自由”的一般性限制，即“合理”（reasonable）和“适当注意”（due regard）的标准，强调了“公海捕鱼自由”必须被理解为应受养护鱼类种群和为此目的进行国家间合作（co-operation）的义务的限制。可以说，该协定才真正从法律制度上体现了“公海捕鱼自由”是一种有限的自由。
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