1958年的《捕鱼和养护公海生物资源公约》为沿海国普遍主张在邻接其领海的公海区域内的渔业权作了铺垫，为了满足大部分沿海国扩大国家渔业权的愿望，联合国第三次海洋法会议将“专属经济区制度”规定进了1982年《海洋法公约》的第五部分。这就在实际上承认了前两次海洋法会议一直未予承认的部分沿海国家对200海里海域的专属渔业管辖权的要求。
1、“专属经济区制度”的确立对“公海捕鱼自由”原则的影响
1982年公约第56条第一款规定：“沿海国在专属经济区内有：（a）以勘探和开发、养护和管理海床上覆水域和海底及其底土的自然资源（不论为生物或非生物资源）为目的的主权权利，……” 公约又在第七部分第86条中规定：“本部分的规定适用于不包括在国家的专属经济区、领海或内水或群岛国的群岛水域内的全部海域。本条规定并不使各国按照第58条规定在专属经济区内所享有的自由受到任何减损。” 这也就是说，专属经济区属沿海国主权管辖的范围，所谓“公海自由”的原则已不再能够当然地适用于该区域内。换言之，可以适用“公海捕鱼自由”的海域在地理面积上已经大大的减少了。
公约第58条第一款和第二款规定：“（1） 在专属经济区内，所有国家，不论为沿海国或内陆国，在本公约有关规定的限制下，享有第87条所指的航行和飞越的自由，以及与这些自由有关的海洋其他国际合法用途，诸如同船舶和飞机的操作及海底电缆和管道的使用有关的、并符合本公约其他规定的那些用途。（2）第88至第115条以及其他国际法有关规则，只要与本部分不相抵触，均适用于专属经济区。” 从中见，在公约的专属经济区制度设置中，并非在专属经济区内就完全否定原来的“公海自由”原则，只是不当然地适用。事实上，经公约明文规定，“公海自由”中的“航行和飞越自由”、“铺设海底电缆和管道的自由”就可以适用于专属经济区，而“公海自由”中的另两项自由——“公海捕鱼自由”和“公海科研的自由”被排斥在外了。专属经济区制度的设立大大减损了“公海捕鱼自由”原则，这是不言而喻的。因为“专属经济区”已不再是所谓的“公海”的一部分，他国公民在此区域内的“捕鱼自由”已不再是要受到某些限制的问题，而是完全被剥夺了。
2、公海制度的新规定对“公海捕鱼自由”原则影响
《公约》第七部分“公海”的规定，除了个别措辞以外，几乎和1958年日内瓦两公约中关于公海制度的条文相同。因为根据20世纪70年代中期整个世界的海洋渔业发展状况，当时在200海里之外进行的捕捞活动还很少，因此在几次的联合国海洋法会议中对这一问题几乎都没有进行多少讨论。 结果，“公海捕鱼自由”被规定在1982年公约第87条中，同时还为其设置了“适当顾及”的义务；而公约第116至第120条则几乎完全是1958年《公海捕鱼公约》的条文。无怪乎80年代后期和90年代初，威廉•伯克（William Burke）尖锐地分析和批评了公约中的渔业条款，他在《新国际
渔业法：1982年海洋法公约及其他》中经过详尽的分析后得出结论：“除了第
116条以外，公约中的其他指导原则都无所裨益；需要改变的恰恰正是‘捕鱼自由’这一沿用至今的核心原则。”
