相对而言内地对于条约和协议的适用方式则复杂得多。我国《
宪法》并未规定国际条约和区际协议相对于国内法的地位问题，只有某些部门法对相关的条约适用作出了规定，如《
民事诉讼法》第
238条规定：中华人民共和国缔结或者参加的国际条约同本法有不同规定的，适用国际条约，但是，我国声明保留的条款除外”；此外《
民法通则》、《
海商法》等也作了类似规定。说明在某些具有上述明确规定的部门法内，国际条约是可以直接适用的。但对于其它方面的条约和协定在国内是否具有优先于国内法的效力，我国法律并未有一个普遍的规定，因此还需以其他方式加以转化或纳入适用。鉴于此，CEPA的实施还需要一个转化或纳入的过程。实践中为了实施CEPA内地许多省市相应的出台了许多政策，以广州为例，包括对服务业者和工业企业的审核标准及程序；建立信息交换机制；开辟CEPA商城等实施细则。
此外，CEPA在实施中还有许多未被完善的细节问题，如CEPA中的“香港服务提供者”如何定义问题，CEPA的争端解决程序如何建立问题，有的学者甚至曾提出是否可通过CEPA在香港和内地之间弥补WTO自身无法解决的竞争、劳工、环境等问题。
（二）CEPA实施应符合WTO的相关规定
首先CEPA需涵盖成员之间实质上的所有贸易。自由贸易区必须对其成员领土之间实质上所有有关的产品取消关税和其它限制性贸易法规。此条原意是为了防止滥用区域一体化，即只是在区域内就某些产品形成优惠以排除或限制其他成员产品进入区域之内的情况。所谓“实质上所有贸易”指的是实践中的所有贸易种类还是只覆盖主要的大部分的贸易种类仍存在着争议，其衡量方法目前仍缺乏有效的方式。实践中有以达到多少比例作为一种实质上达标的标准，如欧盟采用了80%的涵盖标准。亦有专家提出综合考虑比率和产品重要性的问题，或者以相关贸易领域的融合度进行判断 。鉴于每个区域安排消除或减少壁垒的着重点都不同导致每个区域安排可能都集中于不同的方面，国内有学者认为，根据目前两地经济的承受能力，应该涵盖货物贸易、服务贸易和直接投资领域 。
