对于防治跨界污染，环境单行法确定了流域规划制度和大气污染物排放总量控制区制度。7 然而流域规划和总量控制的实施则由污染源所在的地方政府负责，地方政府基于地方利益的考量殆于履行职责，是极其自然的。为了克服这一制度缺陷，国家成立了长江流域水资源保护局、黄河水资源保护局、淮河水资源保护局，分别监督长江、黄河和淮河流域污染防治规划的实施。尽管管理效果很不理想，8 但毕竟有了机构保障，然而，在其他流域跨行政区域的流域至今尚没有类似机构，这不能不令人忧心忡忡。而对于跨界大气污染物的控制，则完全依赖地方政府执法的积极性。当跨界污染产生之后，就更没有提供救济的制度保障了，这主要体现为排污费的征收和使用方面。排污费的征收纳入中央和地方政府的预算，只有纳入中央预算的部分可能用于跨界污染的治理。9 而受到跨界污染损害的地区能否获得这一部分资金，则需要向中央财政申请，10 即使能够获得，也不能保证数额的充分性，即无法确保所受损害能获得相应补偿，也未必能够预防跨界污染的再次发生。这是一个博弈的过程，而不是正式的制度安排。如果不能建立有效的跨界污染预防机制，并在污染源所在地区和受害地区之间建立正式的损害赔偿制度，跨界污染问题就不能得到制度上的解决。
　　二、中央与地方环境负担的分配
　　20世纪末，环境法从侧重污染防治转向了生态保护，强调环境给人类带来的生态利益。11 生态环境提供的利益分为两种，即经济利益和生态利益，12 前者是可以用价格表征的，例如森林生产的木材、药材等，生态利益则是无法定价的，或者定价是非常困难的，例如森林防止水土流失、稳定和改善气候、涵养地下水、保存生物多样性的功能。环境法关注的是：这些利益被哪些主体享受，哪些主体为享受这种利益付出了相应成本。经济利益由相应生态环境要素的所有权人或使用权人享有，它是私人利益，但是生态利益却是公共利益。生态利益既没有竞争性，也没有排他性，这些利益的享受者是国家和全球。13 这就要求在生态利益的供给和享受中，应合理分配中央和地方的财政负担。
　　事实上，生态利益的受益者和付费者并不一致，生态利益的享有者是国家，而地方政府却承担了提供生态利益的责任。地方政府要为此付出三种成本：（1）承担大部分管理成本。森林、自然保护区和野生动物的具体保护职责都由地方政府承担，14 例如自然保护区的管理由所在地方政府承担，对于国家级自然保护区，中央政府只是给予适当的补助，其他级别的自然保护区的管理和保护费用全部由地方政府承担。15 这就造成了这样一种局面：地方政府不愿意申报自己保护区，如果某区域被划为地方自然保护区，就尽力争取成为国家自然保护区。（2）付出机会成本。经济利益和生态利益共同附着在环境要素上，对这些环境要素进行经济性开发，就会影响生态利益的产出，因此要限制开发，例如，在自然保护区内，禁止砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药等活动，禁止进入核心区，禁止在外围区从事旅游和生产经营。16 然而，这些区域的林木和土地，除了国家所有的以外，主要是农村经济组织集体所有，遵守相关规定，就意味着为此付出巨大的机会成本，失去相应的经济收益。（3）承担生态利益的部分供给成本。例如，地方政府有义务完成中央政府下达的森林覆盖率指标。17 中央政府转移支付一部分资金，地方政府则要提供配套资金。具有较大生态价值的生态环境大多位于经济欠发达地区，这进一步加剧了地方政府的负担，势必难以承受这种沉重的财政负担。18

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