这种计划分配方法固然初步解决了跨界水资源利用的无序状态，但这仍然是依靠行政手段分配跨界资源，这既不公平，也缺乏效率。具体表现为如下三个方面：
（1）各区域按比例分配水资源造成相关产业的优汰劣胜。在各区域可获水量比例固定的情况下，实行按比例分配水资源的预期效果是提高水资源的利用效率，使有限的水资源向利用效率高的产业转移。然而，实际情况并非如此。导致这种情况出现的根本原因是确定初始分配比例的依据是实际用水需要，而不是利用效率，但各区域用水效率却存在巨大差异。如此恶性循环，地方区域就会竞相向上一级政府争取更多的水量，完全缺乏节约公共水资源的激励，从而造成了水资源的逆向配置。尽管存在各区域之上的管理机关，但却不能避免水资源这一“公地”的悲剧。长期如此，只能造成水资源供应的日趋紧张。
（2）水资源所有权的虚置使节水规则发生逆向选择。1982年制定的《
中华人民共和国宪法》确定了水资源国家所有，1988年颁布的
《水法》区分了水资源国家所有和集体所有，2002年修改后的
《水法》将所有水资源统一规定为国家所有。既然如此，中央政府就应该享有出让水资源使用的受益权，可是现行的相关制度却并非如此。修改后的
《水法》第
48条规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当缴纳水资源费，具体办法由国务院规定。在中央政府没有出台具体办法之前，适用的仍然是1988年
《水法》第
34条的规定，即由省级政府决定征收水资源费的事项。这就造成了这样的悖论：国家享受水资源所有权，地方政府却从中受益。例如，湖北省征收的水资源费只在省、市和县（区）三级政府之间分成，3 并没有向中央缴纳。这种国家水资源所有权的虚置状态，只能促使省级政府和其他地方政府的逆向选择，使用的水资源数量越大，得到的财政收入就越多，4 而不是付出更多的代价。
（3）计划分配窒息了水权市场。取水许可是水资源计划分配的方式，这就意味着取水许可证不能转让。5 取水企业在许可证有效期内，即使不再需要取水，也只能坐等许可证失效，这严重妨碍水权交易。而在水资源稀缺的情况下，可交易的水权可以使水资源利用效率最大化。在水资源计划分配制度下，既无法形成水资源所有者和使用经营者之间的一级市场，也不能形成了水资源使用者之间的二级市场。尽管出现了个别例外，6 但是我国还没有水权市场赖以存在的制度前提。
